[日本語] English
万見
- PDB-4o4y: Crystal structure of the anti-hinge rabbit antibody 2095-2 in com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o4y
タイトルCrystal structure of the anti-hinge rabbit antibody 2095-2 in complex with IDES hinge peptide
要素
  • 2095-2 heavy chain
  • 2095-2 light chain
  • IDES hinge peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold / antibody (抗体) / hinge (蝶番)
機能・相同性
機能・相同性情報


補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / antigen binding / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Luo, J. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structure and specificity of an antibody targeting a proteolytically cleaved IgG hinge.
著者: Malia, T.J. / Teplyakov, A. / Brezski, R.J. / Luo, J. / Kinder, M. / Sweet, R.W. / Almagro, J.C. / Jordan, R.E. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 2095-2 light chain
H: 2095-2 heavy chain
A: IDES hinge peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1558
ポリマ－48,6943
非ポリマー4605
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.410, 89.370, 83.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-726-

HOH

21H-590-

HOH

-
要素

#1: 抗体 2095-2 light chain


分子量: 23724.293 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2095-2 heavy chain


分子量: 23565.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus, Homo sapiens / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド IDES hinge peptide


分子量: 1404.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE L CYS 300 IS A CYSTEINYLATION OF RESIDUE L CYS 81.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 18.33% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 5% isopropanol, cryoprotection: mother liquor + 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 37290 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 51.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
d*TREK9.6Lデータ削減
d*TREK9.6Lデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MA3

4ma3


解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / SU B: 6.217 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1875 5 %RANDOM
Rwork0.1919 35290 --
obs0.1942 35290 88.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.79 Å2 / Biso mean: 33.146 Å2 / Biso min: 5.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3291 0 30 492 3813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9644869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8423.0035814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41224.32125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91415552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.561513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6661.52279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1831.5927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16223729
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70131265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6894.51119
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.594 91 -
Rwork0.464 1408 -
all-1499 -
obs--49.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7081-0.4092-0.49111.38480.16021.9781-0.0091-0.01380.31740.0865-0.011-0.076-0.2744-0.1060.02010.04970.0076-0.02170.06210.00150.0743-10.009832.5809-33.3543
21.1048-0.36910.68941.3269-0.4582.22640.07010.071-0.05150.0373-0.0686-0.02180.17140.1054-0.00140.0246-0.0129-0.00660.07020.0060.0232-0.147414.1693-33.8205
32.8047-2.6597-0.38425.20620.02692.5043-0.4587-0.4796-0.12750.70740.43170.20250.1855-0.05170.02690.25780.1250.11780.18560.03970.0639-15.364122.20742.7959
42.4439-3.2688-0.80195.31920.88772.0413-0.2822-0.0467-0.64970.65010.12411.28120.1089-0.31020.15810.2292-0.02090.15740.08050.04480.3644-15.89048.9105-6.134
514.25335.31-13.816310.155-4.410124.30970.11740.84410.246-0.71460.2043-0.3897-0.60730.06-0.32170.1131-0.00150.04070.18450.04270.05271.164925.8654-50.1496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3L111 - 300
4X-RAY DIFFRACTION4H114 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5A230 - 236

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る