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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o46 | ||||||
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タイトル | 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza (インフルエンザ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of neuron differentiation / protein kinase C inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / phosphoserine residue binding / protein targeting / Activation of BAD and translocation to mitochondria ...symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of neuron differentiation / protein kinase C inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / phosphoserine residue binding / protein targeting / Activation of BAD and translocation to mitochondria / regulation of signal transduction / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / negative regulation of TORC1 signaling / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / insulin-like growth factor receptor binding / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / protein sequestering activity / protein kinase C binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / regulation of synaptic plasticity / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to insulin stimulus / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / presynapse / host cell cytoplasm / protein domain specific binding / focal adhesion / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / シグナル伝達 / RNA binding / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, S. / Liu, Y. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Structural basis for histone mimicry and hijacking of host proteins by influenza virus protein NS1. 著者: Qin, S. / Liu, Y. / Tempel, W. / Eram, M.S. / Bian, C. / Liu, K. / Senisterra, G. / Crombet, L. / Vedadi, M. / Min, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o46.cif.gz | 548.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o46.ent.gz | 454.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o46 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29494.809 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAG / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: P61981 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1872.202 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide 由来: (合成) Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: Q9YP60 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAG / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 #4: 化合物 | ChemComp-UNX / 配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE UNIDENTIFIED POLYMER IN CHAINS M, N, O, AND V IS LIKELY PART OF ...THE AUTHORS STATE THAT THE UNIDENTIFI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→113.59 Å / Num. all: 53464 / Num. obs: 53464 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 71.39 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 21.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3uzd 解像度: 2.9→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8997 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.682 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: coot was used for interactive model building. refmac was used during intermediate refinement steps. Model geometry was assessed on the molprobity server. disjoint helices have been modeled ...詳細: coot was used for interactive model building. refmac was used during intermediate refinement steps. Model geometry was assessed on the molprobity server. disjoint helices have been modeled into weak density. They have not been assigned specific amino acid sequences, and their direction is uncertain. additional uninterpreted density remains in that area of the electron density map. Attempts to locate additional 14-3-3-g molecules or larger fragments thereof by molecular replacement failed.
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原子変位パラメータ | Biso max: 215.11 Å2 / Biso mean: 69.7905 Å2 / Biso min: 18.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.494 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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