PDB-4o38: Crystal structure of the human cyclin G associated kinase (GAK)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o38

タイトル

Crystal structure of the human cyclin G associated kinase (GAK)

要素

Cyclin-G-associated kinase

GAK (protein)

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC /

protein kinase (プロテインキナーゼ) /

serine/threonine kinase / cyclin G /

p53 (P53遺伝子) / clathrine /

membrane trafficking / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding /

Cell cycle (細胞周期) /

Cell junction (細胞結合) /

Golgi apparatus (ゴルジ体) /

Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding /

Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly /

clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization /

クラスリン /

clathrin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Zhang, R. / Hatzos-Skintges, C. / Weger, A. / Chaikuad, A. / Eswaran, J. / Fedorov, O. / King, O. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the human cyclin G associated kinase (GAK)
著者: Zhang, R. / Hatzos-Skintges, C. / Weger, A. / Chaikuad, A. / Eswaran, J. / Fedorov, O. / King, O. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年1月1日	ID: 3LL6
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o38.cif.gz	232.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o38.ent.gz	196.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c57 4c58 4c59
類似構造データ	4c58-1 2y4p-1 4yg4-d 5ejv-d 4f0i-d 6aeo-1 4ik0-d 6a4v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (4)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclin-G-associated kinase

B: Cyclin-G-associated kinase

ヘテロ分子

76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.425, 103.425, 131.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-589- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	26 - 334
2	0	1	0	B	26 - 334

詳細

The dimeric form in the asymmetric unit could occur at high concentration, and represent an inactive form of the kinase. Monomeric state is the active form.

#1: タンパク質	Cyclin-G-associated kinase / GAK (protein) 分子量: 38202.582 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (11-347) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: O14976, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0M succinic acid, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.97912

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97912	1

反射

解像度: 2.097→74.11 Å / Num. all: 48311 / Num. obs: 48245 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 36.6

反射シェル

解像度: 2.097→2.14 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2356 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.097→74.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 6.986 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19502	2442	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16469	-	-	-
obs	0.1662	45803	99.77 %	-
all	-	48245	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.877 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.265 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→74.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4268	0	28	254	4550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.983	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.01	3	9889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.26	5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.965	24.412	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.402	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.066	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.033	3.097	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.03	3.095	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.739	4.606	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.739	4.607	2725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.122	3.584	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.06	3.581	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.407	5.172	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.411	25.267	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.41	25.276	4956

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15976 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	189	-
R_work	0.223	3286	-
obs	-	-	98.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8968	0.9203	1.7144	3.5636	0.8863	4.4851	0.012	0.1789	-0.1029	-0.2253	-0.1164	0.427	0.0604	-0.3458	0.1043	0.3645	0.028	0.0208	0.2451	-0.009	0.1469	64.5986	77.548	12.2767
2	2.1611	-0.1049	-1.223	0.9016	-0.7136	1.402	0.0149	0.1283	0.1701	0.0657	0.1056	-0.0569	-0.0654	-0.191	-0.1205	0.3033	0.0326	0.0674	0.2253	-0.0431	0.1458	62.6364	68.6434	21.0942
3	0.812	-0.3337	-0.8767	1.3402	0.6849	1.2994	-0.0164	0.1251	-0.1594	-0.0114	-0.1417	0.078	0.005	-0.1203	0.158	0.2604	0.0403	0.1151	0.1848	-0.0954	0.1572	71.742	48.8926	8.87
4	4.9846	-0.3629	-1.6211	11.0687	3.0736	13.6905	-0.4679	-0.0243	-1.4195	0.4437	-0.1112	0.1544	1.7448	-0.6237	0.5792	0.5825	0.0155	0.3031	0.0537	0.0416	0.4752	56.6273	31.2416	47.6705
5	1.92	0.4201	-1.8884	0.4999	-0.51	1.9222	-0.3056	-0.1103	-0.2976	-0.1957	-0.0566	-0.0911	0.3719	0.0721	0.3621	0.3161	0.054	0.074	0.2328	-0.0292	0.1275	53.0588	46.7804	44.3326
6	0.6523	-0.1761	-0.846	0.7165	0.0812	1.2104	0.0718	0.1025	-0.0728	-0.196	-0.1265	-0.0614	0.0216	-0.0548	0.0548	0.2601	0.0425	0.01	0.2492	-0.0532	0.0774	49.1182	58.6868	40.1171
7	1.5832	-0.4919	-0.5198	0.6892	0.1905	3.3693	0.0359	0.0554	0.0113	-0.0192	-0.1239	0.0695	0.0717	-0.1762	0.088	0.2291	0.0462	-0.0068	0.2489	-0.068	0.1143	39	63.5814	50.1803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	26 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	65 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	170 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	263 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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