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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o32 | ||||||
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タイトル | Structure of a malarial protein | ||||||
要素 | Thioredoxinチオレドキシン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / protein export / malaria (マラリア) / protein-disulfide-reductase / parasitophorous vacuole of malarial parasite | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTEX complex / symbiont-containing vacuole / symbiont-containing vacuole membrane / protein-disulfide reductase activity / ミトコンドリア / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.196 Å | ||||||
データ登録者 | Egea, P.F. / Koehl, A. / Peng, M. / Cascio, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015 タイトル: Crystal structure and solution characterization of the thioredoxin-2 from Plasmodium falciparum, a constituent of an essential parasitic protein export complex. 著者: Peng, M. / Cascio, D. / Egea, P.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o32.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o32.ent.gz | 51.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o32.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/4o32 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ul3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16117.035 Da / 分子数: 3 / 断片: malarial thioredoxin-2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: MAL13P1.225, PF3D7_1345100, trx2 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8IDP4 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 4000, 100 mM citrate, isopropanol 10-15%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K PH範囲: 4.5-5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97965 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日 / 詳細: SI 111 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.196→50.642 Å / Num. all: 21370 / Num. obs: 21285 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 22.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: SAD derived from 3UL3 解像度: 2.196→50.642 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.196→50.642 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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