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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d9r | ||||||
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タイトル | Structure of Conserved Protein of Unknown Function PG0164 from Porphyromonas gingivalis [W83] | ||||||
要素 | conserved hypothetical protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) / hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AF2212/PG0164-like / Protein of unknown function DUF1905 / AF2212/PG0164-like superfamily / Domain of unknown function (DUF1905) / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Binkowski, T.A. / Hatzos, C. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Conserved hypothetical protein PG0164 frpm Porphyromonas gingivalis [W83] 著者: Binkowski, T.A. / Hatzos, C. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d9r.cif.gz | 28.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d9r.ent.gz | 21.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d9r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11611.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: W83 / 遺伝子: PG0164 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 34396337, UniProt: Q7MXL1*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2M NaCl, 0.1M Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→43.85 Å / Num. all: 6815 / Num. obs: 6774 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.08 Å / % possible all: 99.42 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.043 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20
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