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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o1x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human thymidylate synthase double mutant C195S-Y202C | ||||||
要素 | (Thymidylate synthase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / dimer-dimer interface modification / active conformation / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Nucleotide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / response to vitamin A / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / developmental growth / dihydrofolate reductase activity / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to progesterone / response to cytokine / liver regeneration / response to toxic substance / 概日リズム / メチル化 / response to ethanol / ミトコンドリア内膜 / negative regulation of translation / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Pozzi, C. / Mangani, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Destabilizers of the thymidylate synthase homodimer accelerate its proteasomal degradation and inhibit cancer growth. 著者: Costantino, L. / Ferrari, S. / Santucci, M. / Salo-Ahen, O.M.H. / Carosati, E. / Franchini, S. / Lauriola, A. / Pozzi, C. / Trande, M. / Gozzi, G. / Saxena, P. / Cannazza, G. / Losi, L. / ...著者: Costantino, L. / Ferrari, S. / Santucci, M. / Salo-Ahen, O.M.H. / Carosati, E. / Franchini, S. / Lauriola, A. / Pozzi, C. / Trande, M. / Gozzi, G. / Saxena, P. / Cannazza, G. / Losi, L. / Cardinale, D. / Venturelli, A. / Quotadamo, A. / Linciano, P. / Tagliazucchi, L. / Moschella, M.G. / Guerrini, R. / Pacifico, S. / Luciani, R. / Genovese, F. / Henrich, S. / Alboni, S. / Santarem, N. / da Silva Cordeiro, A. / Giovannetti, E. / Peters, G.J. / Pinton, P. / Rimessi, A. / Cruciani, G. / Stroud, R.M. / Wade, R.C. / Mangani, S. / Marverti, G. / D'Arca, D. / Ponterini, G. / Costi, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o1x.cif.gz | 239.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o1x.ent.gz | 195.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/4o1x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 37290.684 Da / 分子数: 3 / 変異: C195S,Y202C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OK/SW-cl.29, TS, TYMS / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase #2: タンパク質 | | 分子量: 37336.777 Da / 分子数: 1 / 変異: C195S,Y202C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OK/SW-cl.29, TS, TYMS / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase |
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-非ポリマー , 4種, 266分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 25% saturated Ammonium Sulfate, 20mM BME, 0.1M TRIS pH8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→38.65 Å / Num. all: 54267 / Num. obs: 51794 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 7464 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→38.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 8.042 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.449 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→38.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
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