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- PDB-4nzf: Crystal structure of Abp-D197A (a GH27-b-L-arabinopyranosidase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nzf
タイトルCrystal structure of Abp-D197A (a GH27-b-L-arabinopyranosidase from Geobacillus stearothermophilus), in complex with arabinose
要素Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Tim Barrel (TIMバレル) / Glycoside Hydrolase (グリコシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi alpha-mannosidase II / Aldolase class I / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-arabinopyranose / クエン酸
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Lansky, S. / Solomon, H.V. / Salama, R. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure-specificity relationships in Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase from Geobacillus stearothermophilus T6
著者: Lansky, S. / Salama, R. / Solomon, H.V. / Feinberg, H. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2013年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
B: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
C: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
D: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
E: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
F: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
G: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
H: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,650124
ポリマ－409,5778
非ポリマー12,073116
水52,8202932
1
A: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
B: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
C: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
D: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,87472
ポリマ－204,7894
非ポリマー7,08568
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19870 Å2
ΔGint-561 kcal/mol
Surface area60190 Å2
手法PISA
2
E: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
F: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
G: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
H: Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,77652
ポリマ－204,7894
非ポリマー4,98848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16170 Å2
ΔGint-430 kcal/mol
Surface area59240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.600, 201.505, 286.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Abp, a GH27 beta-L-arabinopyranosidase


分子量: 51197.164 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 糖
ChemComp-ARB / beta-L-arabinopyranose / beta-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / β-L-アラビノピラノ-ス / アラビノース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-arabinopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-ArapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 3040分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE UNP SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS PROTEIN IS D197A MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 0.1M citrate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→34.71 Å / Num. all: 301393 / Num. obs: 268240 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / % possible all: 76.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NXK

4nxk


解像度: 2.19→34.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.544 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21888 14318 5.1 %RANDOM
Rwork0.16847 ---
obs0.17098 268240 89.04 %-
all-301393 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.48 Å2-0 Å20 Å2
2--2.96 Å20 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→34.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27794 0 688 2932 31414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01929299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0226767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9881.95539815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948361610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.52753474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58423.7631398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.634154751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.75715176
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.24165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02132723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3473.27513827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3463.27513826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8954.89417279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8954.89417280
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9473.64615472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9223.63815452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.85.32622492
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.5927.3638186
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.57627.34438157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.194→2.251 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 895 -
Rwork0.247 16966 -
obs--76.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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