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- PDB-4nwu: Crystal structure of APE1551, an anti-human NGF Fab with a nine a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nwu
タイトルCrystal structure of APE1551, an anti-human NGF Fab with a nine amino acid insertion in CDR H1
要素
  • APE1551 Ab Fab heavy chain
  • APE1551 Ab Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / beta-sandwich / human beta nerve growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...補体依存性細胞傷害 / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / Classical antibody-mediated complement activation / IgG immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / antigen binding / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / 獲得免疫系 / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Verdino, P. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Nucleotide insertions and deletions complement point mutations to massively expand the diversity created by somatic hypermutation of antibodies.
著者: Bowers, P.M. / Verdino, P. / Wang, Z. / da Silva Correia, J. / Chhoa, M. / Macondray, G. / Do, M. / Neben, T.Y. / Horlick, R.A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / King, D.J.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年12月10日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42021年6月2日Group: Database references / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / software / struct_ref_seq
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _software.name / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: APE1551 Ab Fab heavy chain
L: APE1551 Ab Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3092
ポリマ－50,3092
非ポリマー00
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.053, 66.256, 63.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-322-

HOH

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要素

#1: 抗体 APE1551 Ab Fab heavy chain


分子量: 25965.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 抗体 APE1551 Ab Fab light chain


分子量: 24342.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% PEG 6000, 0.1 M Citric acid pH6.0-7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: PILATUS 6M-PAD / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→45.58 Å / Num. obs: 64694 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3210 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Web-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APE1531 Fab

解像度: 1.602→45.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.701 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19767 3280 5.1 %RANDOM
Rwork0.16628 ---
obs0.16787 61414 97.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.558 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.14 Å2-0 Å20.01 Å2
2--3.46 Å2-0 Å2
3----1.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 0 434 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.955351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8973.0018277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7135540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80324.34159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48815643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1321517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 248 -
Rwork0.259 4453 -
obs--96.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30860.72420.62372.37291.5522.81220.0412-0.1192-0.23530.0963-0.12670.00580.29240.05050.08550.24640.01610.03390.20610.01850.246237.402119.561128.664
22.3121-0.1494-2.17270.62350.1183.89090.04050.06190.0074-0.06850.03740.0360.0792-0.1116-0.0780.2487-0.0319-0.00880.0784-0.01290.23215.770219.057229.7301
33.72990.4762-1.54481.1484-0.51632.7446-0.1257-0.0051-0.03010.05050.06620.08950.08920.01820.05940.1788-0.0077-0.00540.0069-0.00570.168931.28127.412360.6045
42.70810.96461.32982.12591.34021.9741-0.0765-0.13740.1287-0.0528-0.00650.0427-0.0927-0.18950.08290.19930.00460.00570.03250.00740.184319.445638.491962.5482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H2 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3H114 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4L109 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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