[日本語] English
万見
- PDB-4nn1: Crystal Structure of transcriptional regulator Rv1219c of Mycobac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nn1
タイトルCrystal Structure of transcriptional regulator Rv1219c of Mycobacterium tuberculosis
要素Transcriptional regulatorTranscriptional regulation
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Helix turn helix motif / DNA binding transcriptional regulator / DNA Binding (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
TetR transcriptional regulator Rv1219c-like, C-terminal domain / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulatory protein RaaS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Chou, T.-H. / Yu, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the transcriptional regulator Rv1219c of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Wright, C.C. / Chou, T.H. / Lei, H.T. / Bolla, J.R. / Tringides, M.L. / Rajashankar, K.R. / Su, C.C. / Purdy, G.E. / Yu, E.W.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年5月7日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0401
ポリマ－24,0401
非ポリマー00
水0
1
A: Transcriptional regulator

A: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0812
ポリマ－48,0812
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation38_775-y+5/2,-x+5/2,-z+1/21
Buried area6090 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.876, 151.876, 151.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator / Transcriptional regulation


分子量: 24040.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv1219c, RVBD_1219c / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O86312

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5% Jeffamine M-600, 0.1M Na-citrate, 0.6M NaCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: cryogenically cooled silicon crystals (111-cuts)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 6216 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.99-3.182.70.45119050.979199.6
3.18-3.422.70.24218961.038199.6
3.42-3.772.70.12119231.088199.3
3.77-4.312.70.0818761.021199.2
4.31-5.432.80.05918880.985198
5.43-502.80.02618541.065195.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXS位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.99→48.027 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2766 298 4.8 %RANDOM
Rwork0.2159 ---
all0.2187 6214 --
obs0.2187 6214 97.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.94 Å2 / Biso mean: 66.8602 Å2 / Biso min: 36.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→48.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1578 0 0 0 1578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.191
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る