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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nmv | ||||||
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タイトル | CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide iCAL36(BRB-K-1) (ANSRWPTS[4-bromobenzoic-acyl-K]I) | ||||||
要素 |
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キーワード | protein transport/inhibitor / CAL / GOPC / PIST / FIG (イチジク) / CFTR (嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子) / PDZ / PDZ-peptide / protein transport-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / lysosomal membrane / ゴルジ体 / 樹状突起 / ゴルジ体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Amacher, J.F. / Madden, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Chemically Modified Peptide Scaffolds Target the CFTR-Associated Ligand PDZ Domain. 著者: Amacher, J.F. / Zhao, R. / Spaller, M.R. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nmv.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nmv.ent.gz | 64.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nmv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/4nmv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | CAL PDZ domain bound to decameric peptide |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 284-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9HD26 #2: タンパク質・ペプチド | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 31% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 0.1 M sodium chloride, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.8856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→19.5 Å / Num. all: 34036 / Num. obs: 33913 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 7.8 / Observed criterion σ(I): 25.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4E34 解像度: 1.4→19.5 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: omit peptide density / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.489 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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