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- PDB-4nim: Crystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nim
タイトルCrystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella melitensis
要素Versicolorin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / reductase (還元酵素) / short chain dehydrogenases / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Versicolorin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Short Chain Dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Structure summary
改定 1.22015年9月16日Group: Other / Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1143
ポリマ－29,9901
非ポリマー1242
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子

A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2286
ポリマ－59,9802
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
Buried area4660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
3
A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子

A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子

A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子

A: Versicolorin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,45712
ポリマ－119,9604
非ポリマー4978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area18610 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area29050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.210, 118.210, 85.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-444-

HOH

21A-452-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Versicolorin reductase


分子量: 29990.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: ATCC 23457 / 遺伝子: BMEA_A1386 / 参照: UniProt: C0RJU5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: JCSG+(d3): 50% PEG-200, 100mM Sodium phosphate dibasic/ potassium phosphate monobasic, pH 6.2, 200mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 28196 / Num. obs: 27974 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 27.611 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27.64
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.850.4874.9519456204799.7
1.85-1.90.3936.0918706197099.6
1.9-1.950.3217.4318625196799.8
1.95-2.010.2429.5917700187899.9
2.01-2.080.19911.6417433184699.7
2.08-2.150.1611416751177199.6
2.15-2.230.12417.7416172172599.8
2.23-2.320.10520.5415231162799.4
2.32-2.430.08923.6614959160399.8
2.43-2.550.08325.4814122151199.3
2.55-2.680.06829.7313543145299.3
2.68-2.850.05734.2912730136598.8
2.85-3.040.04741.711888129198.9
3.04-3.290.03948.2310881118998.9
3.29-3.60.03257.979879110998.6
3.6-4.020.02767.459093100898.5
4.02-4.650.02475.61832689998
4.65-5.690.02474.98700475997.3
5.69-8.050.02374.24547360497.1
8.050.0281.23285135394.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YBV

1ybv


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1655 / WRfactor Rwork: 0.1375 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8538 / SU B: 4.906 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / SU Rfree: 0.0933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1864 1409 5 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
all0.1558 29383 --
obs0.1558 27974 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.78 Å2 / Biso mean: 25.359 Å2 / Biso min: 6.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å2-0 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 8 167 1938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9632482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82634063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4355248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45522.72777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80815290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5961519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9651.286971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9651.286970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5521.9211214
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 90 -
Rwork0.246 1957 -
all-2047 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28720.2837-0.46052.71140.62182.958-0.03330.1538-0.0884-0.31-0.0104-0.09840.09850.21730.04370.22230.01520.06020.07550.01410.024674.120810.9927-5.6642
20.4253-0.15340.25930.8502-0.28960.81090.0250.04860.0009-0.1822-0.0118-0.0338-0.08510.1466-0.01320.12620.00380.00790.06740.00490.057671.19714.54699.0894
33.1449-2.3506-0.60665.0356-0.09492.9419-0.02830.0638-0.1092-0.25340.0084-0.1320.16670.24480.01990.1548-0.01930.02210.0778-0.00310.103668.15882.19114.107
40.24940.03090.08840.7706-0.16861.10640.01290.0269-0.0526-0.17170.0168-0.0390.05350.0585-0.02970.11390.01760.00970.0634-0.00880.0965.3043-2.873912.2078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4A232 - 269

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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