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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfg
タイトル
K13R mutant of horse cytochrome c and yeast cytochrome c peroxidase complex
要素
Cytochrome c peroxidase, mitochondrialシトクロムcペルオキシダーゼ
Cytochrome cシトクロムc
キーワード
OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報
cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / シトクロムcペルオキシダーゼ / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / response to reactive oxygen species ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / シトクロムcペルオキシダーゼ / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / respirasome / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / positive regulation of apoptotic process / lipid binding / apoptotic process / heme binding / ミトコンドリア / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 3350, 150 mM NaCl, 0.5 mM 1:1 ratio of horse cytochrome c and yeast cytochrome c peroxidase, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月1日
放射
モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
解像度: 2.11→67.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 4.542 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23614
1221
5 %
RANDOM
Rwork
0.1736
-
-
-
obs
0.1767
23185
99.47 %
-
all
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24397
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK