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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ncv | ||||||
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タイトル | Foldon domain wild type N-conjugate | ||||||
要素 | Fibritin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / trimeric scaffold / chemical ligation / folding / trazido-functionalized trimesic acid scaffold | ||||||
機能・相同性 | Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / virion component / Fibritin / Fibritin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Graewert, M.A. / Berthelmann, A. / Lach, J. / Groll, M. / Eichler, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Versatile C(3)-symmetric scaffolds and their use for covalent stabilization of the foldon trimer. 著者: Berthelmann, A. / Lach, J. / Grawert, M.A. / Groll, M. / Eichler, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ncv.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ncv.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ncv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3110.499 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminus fragment (UNP residues 458-484) / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in bacteriophage T4 fibritin at its C-terminus and harbors an trimesic acid N-conjugate 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: D9IEJ2, UniProt: P10104*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A TRIMESIC ACID DERIVATIVE WAS USED TO CROSSLINK THE THREE FOLDON SUBUNITS AT THEIR N-NERMINI. ONLY ...A TRIMESIC ACID DERIVATIVE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.4 M Na/K-phosphate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月6日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 22182 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NCU 解像度: 1.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.332 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.351 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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