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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n0s | ||||||
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タイトル | Complex of ERK2 with caffeic acid | ||||||
![]() | Mitogen-activated protein kinase 1 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of cellular pH / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / Regulation of the apoptosome activity / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / androgen receptor signaling pathway / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kurinov, I. / Malakhova, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Caffeic Acid Directly Targets ERK1/2 to Attenuate Solar UV-Induced Skin Carcinogenesis. 著者: Yang, G. / Fu, Y. / Malakhova, M. / Kurinov, I. / Zhu, F. / Yao, K. / Li, H. / Chen, H. / Li, W. / Lim, D.Y. / Sheng, Y. / Bode, A.M. / Dong, Z. / Dong, Z. #1: ![]() タイトル: Norathyriol suppresses skin cancers induced by solar ultraviolet radiation by targeting ERK kinases. 著者: Li, J. / Malakhova, M. / Mottamal, M. / Reddy, K. / Kurinov, I. / Carper, A. / Langfald, A. / Oi, N. / Kim, M.O. / Zhu, F. / Sosa, C.P. / Zhou, K. / Bode, A.M. / Dong, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3sa0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41749.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P28482, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 409分子 ![](data/chem/img/DHC.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-DHC / ![]() | ||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.1 M - 1.4 M ammonium sulfate, 2% PEG 500 MME, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTALS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7992→40 Å / Num. all: 35294 / Num. obs: 34906 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 34.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7992→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 89.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3SA0 解像度: 1.7992→36.862 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7992→36.862 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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