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- PDB-4n0l: Methanopyrus kandleri Csm3 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0l
タイトルMethanopyrus kandleri Csm3 crystal structure
要素Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain予想
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RRM-like fold / crRNA binding / Cas/Csm proteins
機能・相同性CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
機能・相同性情報
生物種Methanopyrus kandleri (メタノピュルス・カンドレリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Zn-SAD / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Hrle, A. / Su, A.A. / Ebert, J. / Benda, C. / Conti, E. / Randau, L.
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and RNA-binding properties of the Type III-A CRISPR-associated protein Csm3.
著者: Hrle, A. / Su, A.A. / Ebert, J. / Benda, C. / Randau, L. / Conti, E.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain
B: Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3744
ポリマ－79,2442
非ポリマー1312
水3,261181
1
A: Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6872
ポリマ－39,6221
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6872
ポリマ－39,6221
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.753, 101.017, 174.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Predicted component of a thermophile-specific DNA repair system, contains a RAMP domain / 予想 / Csm3


分子量: 39621.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (メタノピュルス・カンドレリ)
株: AV19 / DSM 6324 / JCM 9639 / NBRC 100938 / 遺伝子: MK1316 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TVS2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05M MES, 50% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月19日 / 詳細: LN2-COOLED DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→69.494 Å / Num. all: 66653 / Num. obs: 66282 / % possible obs: 99.44 % / Observed criterion σ(F): 1.99 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.37→2.3996 Å / % possible all: 99.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Zn-SAD / 解像度: 2.37→69.494 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 3310 4.99 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.195 66282 99.44 %-
all-66319 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→69.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 0 2 181 5449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8257314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.242026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.39960.35291260.31912402X-RAY DIFFRACTION89
2.3996-2.43540.31121350.29352532X-RAY DIFFRACTION99
2.4354-2.47340.31281410.27932654X-RAY DIFFRACTION100
2.4734-2.5140.24171370.26212612X-RAY DIFFRACTION100
2.514-2.55730.28481380.23712633X-RAY DIFFRACTION100
2.5573-2.60380.26861430.23542660X-RAY DIFFRACTION100
2.6038-2.65390.25911390.23132644X-RAY DIFFRACTION100
2.6539-2.70810.2791360.23612596X-RAY DIFFRACTION100
2.7081-2.7670.25851430.23492661X-RAY DIFFRACTION100
2.767-2.83130.27351370.22692636X-RAY DIFFRACTION100
2.8313-2.90220.26551440.22582683X-RAY DIFFRACTION100
2.9022-2.98060.26761360.21312603X-RAY DIFFRACTION100
2.9806-3.06830.23961350.19852619X-RAY DIFFRACTION100
3.0683-3.16740.1931410.20012678X-RAY DIFFRACTION100
3.1674-3.28060.25251350.20432617X-RAY DIFFRACTION100
3.2806-3.41190.23641440.21272641X-RAY DIFFRACTION100
3.4119-3.56720.21421400.1862613X-RAY DIFFRACTION100
3.5672-3.75530.19251360.16452632X-RAY DIFFRACTION100
3.7553-3.99050.16741410.16182659X-RAY DIFFRACTION100
3.9905-4.29860.17751400.15642619X-RAY DIFFRACTION100
4.2986-4.73110.16471330.15192653X-RAY DIFFRACTION100
4.7311-5.41540.21861370.17452645X-RAY DIFFRACTION100
5.4154-6.8220.24191340.21312641X-RAY DIFFRACTION100
6.822-69.5240.15281390.17242639X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.8794 Å / Origin y: 11.2338 Å / Origin z: 21.9168 Å
111213212223313233
T0.124 Å2-0.1075 Å20.0241 Å2-0.1051 Å20.0054 Å2--0.1207 Å2
L0.1448 °20.0403 °20.02 °2-0.1022 °20.0966 °2--0.0675 °2
S-0.0934 Å °-0.1033 Å °-0.0671 Å °-0.1063 Å °-0.0061 Å °0.0095 Å °-0.1191 Å °0.041 Å °-0.071 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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