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Yorodumi- PDB-4muv: M. loti cyclic-nucleotide binding domain mutant displaying invert... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4muv | ||||||
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Title | M. loti cyclic-nucleotide binding domain mutant displaying inverted ligand selectivity, cyclic-GMP bound | ||||||
Components | Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 | ||||||
Keywords | NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / MlotiK1 CNBD mutant / cGMP-complex / CYCLIC-NUCLEOTIDE BINDING / MEMBRANE PROTEIN domain / METAL TRANSPORT | ||||||
Function / homology | Function and homology information potassium channel activity / cAMP binding / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mesorhizobium loti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Fonseca, F. / Pessoa, J. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Citation | Journal: J.Gen.Physiol. / Year: 2014 Title: Determinants of ligand selectivity in a cyclic nucleotide-regulated potassium channel. Authors: Pessoa, J. / Fonseca, F. / Furini, S. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4muv.cif.gz | 190.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4muv.ent.gz | 154.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4muv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3cl1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15001.151 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: CYCLIC NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, UNP residues 216-355 Mutation: T284S, V288S, A352D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mesorhizobium loti (bacteria) / Strain: MAFF303099 / Gene: mll3241 / Plasmid: PGEX2T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / References: UniProt: Q98GN8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.9 M ammonium sulphate, 0.15 M sodium citrate pH 5.6, 100 mM lithium sulphate, 1.5 mM cGMP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.22→45.594 Å / Num. all: 74662 / Num. obs: 74662 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.21 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 20.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3CL1 Resolution: 1.25→42.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9051 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.35 Å2 / Biso mean: 18.2068 Å2 / Biso min: 1.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→42.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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