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- PDB-4muu: Structure of ThiT with pyrithiamine bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4muu
タイトルStructure of ThiT with pyrithiamine bound
要素Thiamine transporter ThiT
キーワードTHIAMINE BINDING PROTEIN / S-component / ECF transporter / ABC transporter
機能・相同性Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-218 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / :
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies on the thiamin binding protein ThiT
著者: Swier, L.J.Y.M. / Gomez, L. / Guskov, A. / Hirsch, A.K.H. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine transporter ThiT
B: Thiamine transporter ThiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,88843
ポリマ－42,4632
非ポリマー7,42541
水1,982110
1
A: Thiamine transporter ThiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,62123
ポリマ－21,2311
非ポリマー3,38922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiamine transporter ThiT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,26720
ポリマ－21,2311
非ポリマー4,03619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.560, 84.590, 127.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-217-

PE5

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Thiamine transporter ThiT / Thiamine ECF transporter S component ThiT


分子量: 21231.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: NZ9000 / 遺伝子: LLNZ_01755 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: D8KFM5
#3: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 9種, 148分子

#2: 化合物 ChemComp-218 / 1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-(2-HYDROXYETHYL)-2-METHYLPYRIDINIUM / 1-(4-アミノ-2-メチルピリミジン-5-イルメチル)-3-(2-ヒドロキシエチル)-2-メチルピリジニウム


分子量: 259.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N4O
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / ジエチレングリコールモノメチルエーテル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 M ammonium nitrate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.217 Å / Num. all: 37975 / Num. obs: 37536 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RLB

3rlb


解像度: 2.1→42.217 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 1876 5 %
Rwork0.1939 --
obs0.196 37528 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 501 110 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4094341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1221347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15680.26691370.21812608X-RAY DIFFRACTION95
2.1568-2.22030.24081400.21862669X-RAY DIFFRACTION97
2.2203-2.29190.28671430.23742704X-RAY DIFFRACTION97
2.2919-2.37380.24731450.18922747X-RAY DIFFRACTION99
2.3738-2.46890.26411440.18012736X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.58120.22591440.17772751X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.71730.24681450.17522753X-RAY DIFFRACTION100
2.7173-2.88750.23651470.17432781X-RAY DIFFRACTION100
2.8875-3.11040.2341450.17682767X-RAY DIFFRACTION100
3.1104-3.42320.21761460.17842765X-RAY DIFFRACTION100
3.4232-3.91830.21681460.1822768X-RAY DIFFRACTION100
3.9183-4.93540.21091450.18872769X-RAY DIFFRACTION100
4.9354-42.22560.2641490.22812834X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.57670.8275-0.3444.0897-5.29627.9315-0.1239-0.8326-0.42490.8922-0.23710.00270.55820.51050.35750.33420.09640.08350.45880.05170.207729.9782.523955.2864
22.8616-0.038-0.83023.42850.11824.9256-0.0888-0.3152-0.06370.40530.0867-0.0279-0.14610.1795-0.02710.19610.05190.0010.2470.00420.157924.442910.557148.4979
32.288-2.5195-0.75.82482.98464.8117-0.3422-0.5210.04780.86620.42410.1101-0.01690.01740.0260.25530.05610.06620.25750.01610.187716.164512.277150.4467
49.3162-5.6281-6.57027.6467.11767.0250.1561-0.7683-0.3056-0.16440.06210.07931.15810.46550.07450.35830.14560.00160.34680.02480.36830.1656-8.749538.3659
58.814-6.5494-3.67358.42934.07323.66610.0570.1222-0.1192-0.0664-0.16350.6117-0.2433-0.37730.06190.16490.03730.03670.19190.02430.190617.102610.158839.5992
63.3874-0.5333-1.22023.6005-0.64732.92140.04480.21030.54160.3152-0.0442-0.1822-0.4532-0.0437-0.04950.2362-0.01790.00960.1618-0.03040.142323.183415.708238.2372
77.6075-2.8539.02217.2341-2.9132.0026-1.0949-1.1212-0.90531.098-0.0896-0.05390.36620.61230.86410.93410.39420.03240.60980.14850.585234.4055-11.952649.1051
83.3008-0.04340.07128.2521-6.06224.4928-0.340.6537-0.0353-0.854-0.3611-1.2857-0.07590.57710.64320.5207-0.16970.05990.57510.02820.238836.370820.93327.4697
92.20710.7588-0.30432.8947-1.04324.2974-0.19060.4388-0.074-0.44070.2249-0.22980.18860.2733-0.04530.2553-0.08650.06970.2954-0.03870.232629.826414.374414.7634
102.83261.37721.13895.65161.6665.4441-0.20960.5865-0.0724-0.57840.23190.04220.5287-0.02050.01830.2751-0.03530.04880.27830.02480.167521.753412.573212.1948
113.3891.14491.64451.90063.72027.42090.5890.0440.2874-0.38620.61070.726-0.81180.5887-0.52450.577-0.1705-0.06160.3040.12960.407534.904534.650323.4488
128.92686.882.18468.82971.05533.9224-0.05130.0709-0.10710.00820.0544-0.0243-0.33330.0512-0.00460.2048-0.04120.05340.1754-0.0020.16721.794515.63722.905
132.57810.5705-1.63166.5499-3.51232.60150.20680.0274-1.2758-0.72080.075-0.3151.0503-0.5574-0.06530.458-0.1761-0.11170.28980.03760.470115.4322-3.488923.872
144.14533.0342-0.80376.2479-2.60853.6995-0.3339-0.2855-0.1713-0.3364-0.1995-0.5655-0.15250.46390.42130.2178-0.01-0.00910.1683-0.0160.183331.779114.81725.5286
150.079-0.8279-0.0738.0330.66870.054-0.44480.77380.7586-1.28020.2743-0.644-0.81080.54870.04390.7348-0.8387-0.29460.45820.9481.000540.15236.922713.3462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 142 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 187 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 188 through 192 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 16 through 36 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 79 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 80 through 108 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 116 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 117 through 142 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 143 through 152 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 153 through 187 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 188 through 192 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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