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万見
- PDB-4mqs: Structure of active human M2 muscarinic acetylcholine receptor bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mqs
タイトルStructure of active human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to the agonist iperoxo
要素
  • Muscarinic acetylcholine receptor M2
  • Nanobody 9-8
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Muscarinic acetylcholine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / nervous system development / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / シナプス / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Muscarinic acetylcholine receptor M2 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / 抗体 / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IXO / Muscarinic acetylcholine receptor M2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Huebner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. ...Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Huebner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Wess, J. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Activation and allosteric modulation of a muscarinic acetylcholine receptor.
著者: Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Hubner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / ...著者: Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Hubner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Wess, J. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2013年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M2
B: Nanobody 9-8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5773
ポリマ－53,3802
非ポリマー1971
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.896, 78.130, 163.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M2 /


分子量: 39951.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-232, 373-466 / 変異: N0D, N1D, N4D, N7D, A373T, K374R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM2 / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08172
#2: 抗体 Nanobody 9-8


分子量: 13428.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMAL3CBN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 化合物 ChemComp-IXO / 4-(4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yloxy)-N,N,N-trimethylbut-2-yn-1-aminium / Iperoxo / [4-(2-イソオキサゾリン-3-イルオキシ)-2-ブチニル]トリメチルアミニウム


分子量: 197.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution: 10 - 20% PEG300, 100 mM HEPES, pH 7.2 - 7.9, 1.2% 1,2,3-heptanetriol, and 20 - 80 mM EDTA, pH 8.0, Lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→33 Å / Num. all: 10386 / Num. obs: 10386 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.188
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Num. unique all: 871 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1241)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3UON

3uon


解像度: 3.5→32.522 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2982 1030 10.06 %Random
Rwork0.2493 ---
obs0.2544 10237 96.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→32.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3020 0 14 0 3034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8614290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1531026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.68430.39751290.34421129X-RAY DIFFRACTION86
3.6843-3.91480.36061460.29641300X-RAY DIFFRACTION96
3.9148-4.21650.34161490.27071318X-RAY DIFFRACTION99
4.2165-4.63970.33341480.22961327X-RAY DIFFRACTION98
4.6397-5.30860.28071510.2211346X-RAY DIFFRACTION98
5.3086-6.67870.29321480.27211365X-RAY DIFFRACTION98
6.6787-32.52320.2431590.22081422X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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