PDB-4mog: Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 3-fluorinated glucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mog

タイトル

Pyranose 2-oxidase V546C mutant with 3-fluorinated glucose

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD /

HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / FLAVINYLATION /

INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

ピラノースオキシダーゼ /

pyranose oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

flavin adenine dinucleotide binding /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mog.cif.gz	237 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mog.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mofC 4mohC 4moiC 4mojC 4mokC 4molC 4momC 4mooC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mof-1 2f6c-1 3k4c-d 4mol-d 3lsk-d 3pl8-1 3k4l-1 4moo-1 3k4b-1 3bg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

71.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
286 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.507, 102.507, 128.626
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase

分子量: 70558.070 Da / 分子数: 1 / 変異: V546C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32,

ピラノースオキシダーゼ

#2: 化合物

ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂

分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂

#3: 糖

ChemComp-G3F / 3-deoxy-3-fluoro-beta-D-glucopyranose / 3-デオキシ-3-フルオロ-β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 182.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁FO₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000 , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.946496 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月12日 / 詳細: unfocused
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.946496 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.11 Å / Num. all: 46860 / Num. obs: 46860 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 26.5 % / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 24.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.799 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	962	2.1 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	45898	99.8 %	-
all	-	45898	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4517	0	65	411	4993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	4701
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	1.963	6392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	3	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.175	5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.483	24.464	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.149	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.435	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.11 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	117	-
R_work	0.257	6025	-
obs	-	-	99.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.514	-0.1816	0.1069	1.493	-0.1019	1.0785	0.023	-0.1328	0.0298	0.1073	0.0372	0.0674	-0.0057	-0.0444	-0.0602	0.0794	-0.0128	0.0048	0.0663	-0.0153	0.0207	16.855	1.12	-22.2601
2	0.1624	-0.1292	0.0511	0.1664	-0.1583	0.3169	-0.0075	0.011	0.0107	0.0096	0.0218	0.0146	-0.0013	-0.016	-0.0143	0.0583	-0.0128	-0.0026	0.058	0.0005	0.0341	8.2319	5.3374	-47.7725
3	0.4288	0.1584	0.0728	0.4559	0.1139	0.32	0.0189	-0.0463	0.025	0.0691	-0.0021	-0.0321	0.0031	0.0282	-0.0168	0.0906	0.0051	-0.0096	0.092	0.0055	0.0606	21.0605	-5.4419	-34.0001
4	2.3079	1.0726	-0.0766	1.1394	-0.0149	0.4621	-0.0253	0.0313	-0.1169	-0.0148	0.0081	0.0906	0.055	-0.1097	0.0172	0.1026	-0.0013	0.0033	0.0934	0.0115	0.0864	1.8403	-29.9365	-48.7021
5	0.3911	0.1858	0.1336	0.3836	0.0901	0.3694	0.0027	-0.0173	0.052	0.04	0.0076	-0.0389	-0.0087	0.0482	-0.0103	0.0659	-0.0004	-0.0022	0.068	-0.0023	0.064	24.6564	-3.5202	-42.7286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	173 - 370
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	371 - 461
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	462 - 618

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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