PDB-4mes: Crystal structure of ThiT complexed with LMG116

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mes

タイトル

Crystal structure of ThiT complexed with LMG116

要素

Thiamine transporter ThiT

キーワード

THIAMINE BINDING PROTEIN / S-component / ECF transporter /

ABC transporter

機能・相同性

Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-26G / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Swier, L.J.Y.M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of ThiT with small molecule modulators
著者: Swier, L.J.Y.M. / Gomez, L. / Guskov, A. / Hirsch, A.K.H. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2013年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mes.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mes.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mes.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4mes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/4mes	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rlbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n4d-1 3rlb-1 5dju-1 4u9z-d 4pov-1 5djt-d 2ff0-d 5dju-2 4dw7-2 6gp1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiamine transporter ThiT

B: Thiamine transporter ThiT

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiamine transporter ThiT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiamine transporter ThiT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.530, 84.200, 127.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 AB

#1: タンパク質

Thiamine transporter ThiT / Thiamine ECF transporter S component ThiT

分子量: 19924.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
株: NZ9000 / 遺伝子: LLNZ_01755, thiT / 発現宿主:

Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ9000 / 参照: UniProt: D8KFM5

#2: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 7種, 209分子

#3: 化合物	ChemComp-26G / 2-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]phenyl}ethanol / 3-(2-メチル-4-アミノ-5-ピリミジニルメチル)ベンゼンエタノ-ル分子量: 243.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / ジエチレングリコールモノメチルエーテル分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 282.331 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M ammonium nitrate, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47 Å / Num. all: 43797 / Num. obs: 43725 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique all: 5899 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RLB

3rlb

解像度: 2→42.323 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2082	2186	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.1758	43721	99.84 %	-
all	-	43797	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2743	0	610	169	3522

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3421
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.314	4462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.975	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0435	0.2844	134	0.272	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0435-2.091	0.2876	138	0.2541	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.091-2.1433	0.2628	134	0.237	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1433-2.2013	0.2499	138	0.2303	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2013-2.2661	0.2806	137	0.2026	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2661-2.3392	0.2201	134	0.1907	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.4228	0.2136	136	0.1772	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4228-2.5198	0.2364	136	0.1677	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6344	0.2179	137	0.1596	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6344-2.7733	0.2177	138	0.1546	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7733-2.947	0.2015	136	0.1578	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.1745	0.1964	137	0.1545	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1745-3.4938	0.1875	138	0.1488	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4938-3.9991	0.2088	137	0.1558	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9991-5.0371	0.1823	136	0.1446	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0371-42.3327	0.1804	140	0.1983	2658	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2106	1.7486	-0.9039	7.4969	-5.8808	7.3409	-0.2975	-0.7054	-0.2699	0.3268	-0.0713	-0.8119	0.242	0.8605	0.37	0.2871	0.1455	-0.013	0.5406	0.0056	0.2308	32.5398	3.8292	55.3137
2	3.2608	0.7815	-0.8395	6.0223	-1.4875	4.5487	-0.1142	-0.3951	0.2759	0.7485	0.2401	-0.3417	-0.3878	0.226	-0.0956	0.1294	0.0117	0.0064	0.2386	-0.0523	0.1622	28.7523	12.1252	44.9493
3	3.2904	-1.5775	-0.8957	3.3278	0.7481	5.782	-0.303	-0.5923	-0.0117	0.3682	0.3623	0.1124	-0.2956	0.1349	-0.0411	0.2302	0.0268	0.0396	0.2549	0.0231	0.1578	20.1517	9.7125	52.014
4	3.3862	-4.1212	-4.3244	7.4105	4.6022	8.6735	-0.0928	-0.595	-1.0434	-0.2908	0.1465	0.3803	1.2727	0.5559	0.0086	0.3815	0.1284	0.0726	0.3071	0.0522	0.3758	32.3465	-9.5225	39.013
5	1.4718	-1.1549	0.246	4.3253	-1.3272	1.05	0.4531	0.1914	0.6381	-0.2802	-0.0862	-0.2534	-0.5392	-0.3682	-0.2369	0.2363	0.073	0.0796	0.1882	0.0377	0.2718	17.4449	15.3593	40.0156
6	1.663	-0.1757	-0.1115	3.7481	-1.6021	4.1361	-0.2943	-0.2078	-0.1579	0.2897	0.1056	-0.4252	0.136	0.3975	0.1358	0.1453	0.0051	0.0103	0.1994	-0.0032	0.1893	30.704	6.6424	39.5935
7	5.1853	0.449	-1.0851	6.7127	-4.9365	7.0376	-0.4801	0.9755	0.0284	-0.6754	0.0446	-0.9354	-0.3892	0.2206	0.4143	0.3845	-0.1954	0.0481	0.5523	0.0158	0.2448	36.5848	21.541	7.314
8	6.7305	1.2981	0.4131	7.8722	-4.9261	3.3314	-0.1717	0.7576	-0.7249	-0.0992	0.1036	-0.8195	1.0552	0.1482	0.0975	0.4445	0.0465	0.0484	0.2398	-0.1414	0.3813	30.9133	2.244	20.6763
9	2.187	1.0035	-0.4357	3.0994	-1.0401	1.1305	-0.2519	0.4551	0.0624	-0.4321	0.2158	-0.1867	-0.2044	0.418	0.0618	0.2983	-0.1751	0.0272	0.3313	0.0306	0.2104	30.5476	19.7397	12.02
10	3.9242	2.0498	1.6584	5.6802	4.123	5.3893	-0.1646	0.475	-0.0018	-0.4929	0.0574	0.1229	0.2841	-0.1414	0.1163	0.3584	-0.1417	-0.0084	0.3198	0.0201	0.164	22.3699	12.8971	12.6019
11	6.6314	4.9573	6.2871	6.5182	5.8797	8.5535	0.0472	0.1232	0.7666	-0.1826	0.2674	0.3855	-0.2889	-0.1621	-0.2392	0.3468	-0.1641	0.0285	0.3167	0.0481	0.4267	36.4993	34.5102	23.8258
12	5.1617	4.0069	0.5115	5.1672	0.0039	2.0654	0.0906	-0.1342	0.0184	0.1209	-0.1525	0.0531	0.1014	-0.0623	0.085	0.1232	-0.0663	-0.0168	0.2188	0.0132	0.166	23.106	15.545	23.1881
13	2.7621	2.0915	-0.1272	3.6676	-0.277	1.4292	-0.0585	0.2249	-0.2577	-0.5448	0.1556	-0.0191	0.705	-0.3463	0.0143	0.429	-0.2017	-0.0485	0.2299	0.0149	0.3675	16.8331	-3.4292	24.1685
14	4.3846	1.9637	-1.0744	3.6258	-0.4164	2.6183	-0.0569	0.1495	-0.0351	-0.0254	0.0552	-0.4303	0.0254	0.3251	-0.0219	0.1301	-0.0407	-0.0257	0.2229	0.0341	0.2164	31.3896	12.2162	26.3435
15	2.3966	2.2326	-3.8648	8.7156	-1.9893	6.6434	-0.5165	0.8091	0.1575	-1.374	0.0263	-1.6303	-0.1873	0.9238	0.4972	0.4017	-0.1263	0.0393	0.3975	0.0757	0.4855	43.9572	27.3536	20.0915
16	2.8803	3.517	-0.278	4.6656	-0.5968	0.1932	-0.4895	0.5774	-0.0188	-0.4592	0.2231	0.127	-0.2077	0.1857	0.1019	0.6711	-0.8021	-0.1934	0.3328	0.167	0.4533	41.039	37.0354	13.6236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 6 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 27 through 38 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 69 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 70 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 99 through 106 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 107 through 132 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 133 through 142 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 143 through 172 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 173 through 177 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 178 through 182 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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