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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mbs | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the CCR5 Chemokine Receptor | ||||||
要素 | Chimera protein of C-C chemokine receptor type 5 and Rubredoxin | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Human CCR5 Chemokine Receptor / anti-HIV agent / novel protein engineering / GPCR network / membrane protein (膜タンパク質) / PSI-Biology / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seven transmembrane helices / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / alkane catabolic process / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / alkane catabolic process / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / virus receptor activity / cell-cell signaling / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / 炎症 / 免疫応答 / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Clostridium pasteurianum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, Q. / Zhu, Y. / Han, G.W. / Li, J. / Fenalti, G. / Liu, H. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR) / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Structure of the CCR5 chemokine receptor-HIV entry inhibitor maraviroc complex. 著者: Tan, Q. / Zhu, Y. / Li, J. / Chen, Z. / Han, G.W. / Kufareva, I. / Li, T. / Ma, L. / Fenalti, G. / Li, J. / Zhang, W. / Xie, X. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Liu, H. / Stevens, R.C. / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mbs.cif.gz | 298.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mbs.ent.gz | 243.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3oduS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47516.281 Da / 分子数: 2 断片: Rubredoxin inserted into CCR5 between residue 223 and 227 変異: C58Y, G163N, A233D, K303E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア) 遺伝子: CCR5, CCR5_HUMAN, CMKBR5, Rd / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P51681, UniProt: P00268 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 詳細: 32% PEG 400, 0.1M HEPES, 0.1M sodium chloride, pH 7.0, Lipidic cubic phase, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 28947 / Num. obs: 27674 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 67.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3ODU 解像度: 2.71→36.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9383 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.664 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 72.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.417 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→36.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.71→2.81 Å / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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