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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m29 | ||||||
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タイトル | Structure of a GH39 Beta-xylosidase from Caulobacter crescentus | ||||||
要素 | Beta-xylosidaseXylan 1,4-b-xylosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / family GH39 / beta-xylosidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Caulobacter crescentus (カウロバクター・クレセンタス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Polo, C.C. / Santos, C.R. / Correa, J.M. / Simao, R.C.G. / Seixas, F.A.V. / Murakami, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Thesis タイトル: Structure of a GH39 Beta-xylosidase from Caulobacter crescentus 著者: Polo, C.C. / Santos, C.R. / Correa, J.M. / Simao, R.C.G. / Seixas, F.A.V. / Murakami, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m29.cif.gz | 183.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m29.ent.gz | 145.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/4m29 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ekjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56305.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (カウロバクター・クレセンタス) 株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: Itgav, CC_2357 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A5U0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES, 12% PEG6000, 0.05 M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.6 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.6 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→17.4 Å / Num. all: 25413 / Num. obs: 25082 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4EKJ 解像度: 2.1→17.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 11.983 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→17.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -10.2259 Å / Origin y: -3.0899 Å / Origin z: -23.8065 Å
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