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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a54 | ||||||
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タイトル | DYRK1A IN COMPLEX WITH NITRO BENZOTHIAZOLE FRAGMENT | ||||||
要素 | DUAL SPECIFICITY TYROSINE-PHOSPHORYLATION-REGULATED KINASE 1ADYRK1A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / 概日リズム / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | ||||||
データ登録者 | Rothweiler, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Probing the ATP-Binding Pocket of Protein Kinase Dyrk1A with Benzothiazole Fragment Molecules 著者: Rothweiler, U. / Stensen, W. / Brandsdal, B.O. / Isaksson, J. / Leeson, F.A. / Eugh, R.A. / Mjoen Svendsen, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a54.cif.gz | 277.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a54.ent.gz | 225.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/5a54 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42653.992 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 126-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase #2: 化合物 | ChemComp-5PW / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M KSCN; 0.1M KCL; 14% PEG 3350, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月24日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 53493 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.27 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.22 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.79 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4NCT 解像度: 2.63→48.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 10.429 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→48.19 Å
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拘束条件 |
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