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- PDB-4lx3: Conserved Residues that Modulate Protein trans-Splicing of Npu Dn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lx3
タイトルConserved Residues that Modulate Protein trans-Splicing of Npu DnaE Split Intein
要素
  • DNA polymerase III, alpha subunitDNAポリメラーゼ
  • Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / trans-structure / naturally occurring
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / 3'-5' exonuclease activity / helicase activity / DNA複製 / nucleic acid binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / Hint domain superfamily / OB-fold nucleic acid binding domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III, alpha subunit / Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wu, Q. / Gao, Z. / Wei, Y. / Ma, G. / Zheng, Y. / Dong, Y. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Conserved residues that modulate protein trans-splicing of Npu DnaE split intein.
著者: Wu, Q. / Gao, Z. / Wei, Y. / Ma, G. / Zheng, Y. / Dong, Y. / Liu, Y.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III, alpha subunit
B: Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0172
ポリマ－17,0172
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area6960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.029, 61.199, 103.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-117-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III, alpha subunit / DNAポリメラーゼ


分子量: 12836.946 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 775-876 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: Npun_F4872 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J066, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type


分子量: 4179.662 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: ATCC 29133 / PCC 73102 / 遺伝子: Npun_F5684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J821, DNAポリメラーゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 2mM Dithiothreitol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月22日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.8 Å / Num. all: 22916 / Num. obs: 22916 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→33.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 1174 5.12 %random
Rwork0.1673 ---
all0.1686 22916 --
obs0.1673 22916 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.471 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 51.41 Å2 / Biso mean: 12.7125 Å2 / Biso min: 3.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3005 Å20 Å20 Å2
2---0.148 Å2-0 Å2
3----0.1525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1114 0 0 215 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3521625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.367472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.56830.27171490.210126962845
1.5683-1.6510.19311340.172126792813
1.651-1.75440.21551510.162626622813
1.7544-1.88990.20171450.153227062851
1.8899-2.080.18851490.158726962845
2.08-2.3810.18391630.159626872850
2.381-2.99950.20711360.16827442880
2.9995-33.80880.17341470.170928723019
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.6415 Å / Origin y: 14.1408 Å / Origin z: 12.5822 Å
111213212223313233
T0.0396 Å20.0048 Å2-0.0016 Å2-0.0515 Å2-0.0013 Å2--0.0383 Å2
L0.6608 °20.1041 °20.2798 °2-0.9001 °2-0.0751 °2--0.6729 °2
S-0.002 Å °0.0629 Å °0.0171 Å °-0.0512 Å °0.0032 Å °0.0371 Å °-0.0136 Å °-0.0244 Å °-0.0042 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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