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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c7e | ||||||
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タイトル | D95E HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS | ||||||
要素 | FLAVODOXINフラボドキシン | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / FMN / FLAVODOXIN (フラボドキシン) / MUTANT (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | McCarthy, A. / Walsh, M. / Higgins, T. / D'Arcy, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Crystallographic Investigation of the Role of Aspartate 95 in the Modulation of the Redox Potentials Of Desulfovibrio Vulgaris Flavodoxin 著者: McCarthy, A.A. / Walsh, M.A. / Verma, C.S. / O'Connell, D.P. / Reinhold, M. / Yalloway, G.N. / D'Arcy, D. / Higgins, T.M. / Voordouw, G. / Mayhew, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c7e.cif.gz | 71.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c7e.ent.gz | 53.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/1c7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/1c7e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.406, -0.914, -0.006), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15718.172 Da / 分子数: 2 / 変異: D95E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: TG2 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P00323 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 70-73% A.S., 210MM TRIS-HCL, 200MM SODIUM ACETATE PH=8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→19.764 Å / Num. obs: 15535 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 42.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.66 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35676 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→19.76 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.76 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2308 / Rfactor Rfree: 0.294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |