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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lwy | ||||||
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タイトル | L(M196)H,H(M202)L Double Mutant Structure of Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV | ||||||
要素 | (Reaction center protein ...Photosynthetic reaction centre) x 3 | ||||||
キーワード | electron transport (電子伝達系) / membrane protein (膜タンパク質) / Photosynthetic reaction center / Primary electron donor / photon / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: CRYSTALLOGR REP. / 年: 2014 タイトル: Molecular Dynamic Studies of Reaction Centers Mutants from Rhodobacter sphaeroides and his mutant form L(M196)H+H(M202)L 著者: Kljashtorny, V.G. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G. / Gabdulkhakov, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lwy.cif.gz | 212.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lwy.ent.gz | 162.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lwy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3v3yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31491.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 34017.117 Da / 分子数: 1 / Mutation: L196H, H202L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9 |
-非ポリマー , 14種, 84分子
#4: 化合物 | ChemComp-LDA / #5: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-DIO / #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-K / | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CDL / | #15: 化合物 | ChemComp-FE / | #16: 化合物 | ChemComp-SPN / | #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE DISCREPANC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.98 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 3.5% 1,2,3 -heptanetriol, 2% dioxane, 0.1% LDAO, 1M potassium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 283135 / Num. obs: 46947 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3V3Y 解像度: 2.903→43.193 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.903→43.193 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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