PDB-4liv: Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4liv

タイトル

Structure of YcfD, a Ribosomal oxygenase from Escherichia coli in complex with Cobalt and succinic acid.

要素

50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase

リボソーム

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / JmjC Domain /

Dioxygenase /

Hydroxylation (ヒドロキシル化)

機能・相同性

機能・相同性情報

[50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity /

post-translational protein modification /

ferrous iron binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Brissett, N.C. / Doherty, A.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans.
著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...

履歴

登録	2013年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4liv.cif.gz	164.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4liv.ent.gz	128.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4liv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4liv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4liv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xdvC 4bu2C 4bxfC 4ccjC 4cckC 4cclC 4ccmC 4ccnC 4ccoC 4cswC 4cugC 4litC 4liuSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4liu-1 4nub-1 4lit-1 3c7u-d 1y5x-d 6cb0-d 1ixy-d 3tz4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase

ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.010, 75.010, 209.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	50S ribosomal protein L16 arginine hydroxylase / リボソーム / Ribosomal oxygenase YcfD / ROX 分子量: 46177.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1128, JW1114, ycfD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834s 参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 10mM Cobalt chloride, 50mM succinic acid pH 4.2, 1.2M 1,6 hexanediol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月21日 / 詳細: Osmic mirrors

放射

モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→70.601 Å / Num. all: 16951 / Num. obs: 16951 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.179 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.7-2.85	6.6	0.895	0.9	16014	2432	0.895	99.8
2.85-3.02	6.6	0.638	1.2	15217	2308	0.638	99.8
3.02-3.23	6.6	0.416	1.8	14473	2189	0.416	99.7
3.23-3.49	6.6	0.246	3.1	13350	2016	0.246	99.4
3.49-3.82	6.6	0.172	4.5	12484	1883	0.172	99.2
3.82-4.27	6.7	0.111	6.9	11305	1697	0.111	98.8
4.27-4.93	6.6	0.082	9.1	9984	1509	0.082	98.5
4.93-6.04	6.6	0.107	7	8441	1286	0.107	97.9
6.04-8.54	6.5	0.079	9.5	6625	1022	0.079	97
8.54-60.937	5.9	0.034	20.5	3567	609	0.034	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.69 Å	60.94 Å
Translation	5.69 Å	60.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LIU

4liu

解像度: 2.7→53.04 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8378 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	1561	5.04 %
R_work	0.1952	-	-
obs	0.1979	30982	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.3 Å² / B_iso mean: 43.3294 Å² / B_iso min: 16.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→53.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	9	124	3023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	4072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.913	1097

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.7872	0.3517	161	0.2825	2700	2861	100
2.7872-2.8868	0.3573	164	0.2609	2670	2834	100
2.8868-3.0024	0.2508	144	0.237	2706	2850	100
3.0024-3.139	0.237	132	0.2274	2671	2803	100
3.139-3.3045	0.2284	153	0.202	2675	2828	100
3.3045-3.5115	0.2723	132	0.1909	2699	2831	99
3.5115-3.7825	0.2756	157	0.1886	2660	2817	99
3.7825-4.163	0.2598	137	0.1707	2686	2823	99
4.163-4.7651	0.1656	109	0.1548	2675	2784	99
4.7651-6.0022	0.2322	152	0.1784	2644	2796	98
6.0022-53.0503	0.2364	120	0.1983	2635	2755	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2656	1.1487	0.2231	2.9769	0.113	3.6689	-0.0756	-0.0754	-0.2335	-0.1758	0.0817	-0.2837	0.1435	0.2061	0.0077	0.2219	0.0465	-0.022	0.2056	0.0135	0.2194	10.9227	-14.8277	-31.3276
2	3.3519	0.2686	-1.2601	8.3096	-1.8294	6.9109	0.5457	-0.1004	-0.7134	0.0934	0.2005	1.2041	0.0081	-1.3255	-0.6117	0.2572	-0.0671	0.0213	0.7021	0.0793	0.453	-13.0009	-18.534	-31.9169
3	1.1463	-0.033	0.6727	2.3385	-0.477	3.2441	0.181	0.0023	-0.4252	-0.0156	0.1526	-0.1069	0.3488	-0.2229	-0.3589	0.2505	0.0124	-0.0028	0.2513	-0.0187	0.2843	3.9364	-20.4328	-27.5514
4	2.4115	0.8244	0.8245	2.0094	-0.7917	2.9166	-0.1306	0.1311	0.0958	-0.1725	0.2017	0.1262	-0.1372	-0.312	-0.0858	0.2267	0.0213	0.0007	0.2977	-0.0075	0.219	2.072	-9.291	-34.695
5	1.0647	-0.804	-1.853	1.7268	2.7533	4.8468	0.0061	0.0311	-0.1113	0.0341	-0.116	0.2851	0.1232	-0.117	0.1046	0.3271	0.0634	-0.0166	0.3514	0.0203	0.3886	0.2266	1.4773	4.2994
6	2.9863	-3.7807	-3.0528	5.6469	4.4744	3.5522	0.2157	0.3853	0.2008	-0.1109	0.1188	-0.5541	-0.2561	0.0847	-0.3646	0.393	-0.0346	0.0433	0.4855	0.0395	0.3268	1.1764	10.9701	7.3506
7	3.3354	1.5631	1.578	5.0092	5.5852	8.6575	0.2062	-0.5263	0.2127	0.1586	0.1695	-0.2704	-0.5449	-0.7284	-0.3337	0.6006	0.2433	0.0277	0.5187	0.054	0.4628	7.7043	-10.5368	-4.6933
8	3.0055	-2.5767	0.2416	2.2545	-0.4985	1.79	-0.0972	-0.2259	-0.2224	-0.2483	0.2471	0.1495	0.1167	-0.1028	-0.1337	0.3374	0.0161	-0.0212	0.2952	0.0732	0.2898	15.5597	-30.0571	-8.0738
9	3.762	-3.7393	-0.2689	5.174	-0.128	2.808	-0.1474	-0.3062	0.4717	0.448	0.0098	-0.6732	-0.3159	0.0981	0.0829	0.4014	-0.0411	-0.0528	0.3516	0.0321	0.3895	19.5805	-20.2914	-5.9798
10	1.8654	-0.0288	0.1176	1.0473	-0.2854	1.2128	0.1149	-0.0495	-0.1428	-0.1038	0.109	0.0179	0.0281	-0.1358	-0.1566	0.4045	0.0495	0.0056	0.3409	0.0535	0.3666	19.3228	-29.5954	-5.344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 36:84)	A	36 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 85:104)	A	85 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 105:140)	A	105 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 141:234)	A	141 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 235:273)	A	235 - 273
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 274:293)	A	274 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:312)	A	294 - 312
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 313:350)	A	313 - 350
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 351:378)	A	351 - 378
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 379:407)	A	379 - 407

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関連情報:EMDBヘッダ

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