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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lih | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 | ||||||
要素 | Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / SSGCID / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia cenocepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The crystal structure of Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315 著者: Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lih.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lih.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lih | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4fr8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53914.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: puuC, BceJ2315_05990, BCAL0603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B4E926, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) #2: 化合物 | ChemComp-MES / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus Screen well E2: 0.12 Ethylene glycols, 0.1M buffer 1, 30% ethylene glycol/PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 332765 / Num. obs: 325553 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique all: 23867 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4FR8 解像度: 1.85→48.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.075 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.189 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.19 Å
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拘束条件 |
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