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- PDB-4lb1: Crystal structure of human alpha-defensin 1 (HNP1) Y16A/F28A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lb1
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 1 (HNP1) Y16A/F28A mutant
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / HUMAN ALPHA DEFENSIN 1 / HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / HNP1 / ANTIBIOTIC (抗生物質) / ANTIMICROBIAL / ANTIVIRAL DEFENSE / DEFENSIN (ディフェンシン) / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / FUNGICIDE (殺菌剤 (農薬その他)) / PHOSPHOPROTEIN / SECRETED (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Wu, X. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Single, Double and Quadruple Alanine Substitutions at Oligomeric Interfaces Identify Hydrophobicity as the Key Determinant of Human Neutrophil Alpha Defensin HNP1 Function.
著者: Zhao, L. / Tolbert, W.D. / Ericksen, B. / Zhan, C. / Wu, X. / Yuan, W. / Li, X. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Neutrophil defensin 1
E: Neutrophil defensin 1
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1364
ポリマ－13,1364
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area6800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.553, 88.553, 54.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Neutrophil defensin 1 / Defensin / alpha 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3283.919 Da / 分子数: 4 / 変異: Y16A, F28A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59665
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月11日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 10725 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)/Refmac 5.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GNY

3gny


解像度: 2→18.037 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1047 9.81 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.1932 10668 99.54 %-
all-10725 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数900 0 0 8 908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9151236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.329328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.123128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01160
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.10260.29271380.26971369X-RAY DIFFRACTION99
2.1026-2.23410.28521550.23791375X-RAY DIFFRACTION100
2.2341-2.40630.29181560.26511383X-RAY DIFFRACTION100
2.4063-2.64770.29411680.24741344X-RAY DIFFRACTION100
2.6477-3.02930.25511580.22721385X-RAY DIFFRACTION100
3.0293-3.81070.24061300.18511416X-RAY DIFFRACTION100
3.8107-18.0370.19061420.16051349X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1168-0.0923-0.16540.51270.52470.7422-0.16520.288-0.0020.74330.68370.4286-0.6145-0.50270.00470.81230.29510.0390.67160.07560.445711.971618.584-3.9341
20.6527-0.3778-0.15610.68120.66020.6403-0.14041.3867-0.0687-0.26260.2637-0.17930.11040.45950.00110.40220.1296-0.0590.9796-0.21650.517817.766515.1988-13.4247
30.79460.13720.64010.9540.35660.60720.0383-0.23420.13940.3236-0.4585-0.2525-1.01670.87310.00850.8127-0.1876-0.24460.50590.13160.567532.165213.69163.1073
40.33740.3570.4820.4320.39710.9661-0.1799-0.0788-1.4019-0.0243-0.05210.1159-0.09790.3583-0.01280.37860.0068-0.13910.49580.030.987626.39653.57493.1547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN D AND RESID 1:30 )D1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN E AND RESID 1:30 )E1 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1:30 )A1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 1:30 )B1 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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