PDB-4kzp: Crystal Structure of a Putative Short Chain Dehydrogenase from My...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kzp

タイトル

Crystal Structure of a Putative Short Chain Dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

酸化還元酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID /

reductase (還元酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Short Chain Dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis
著者: Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kzp.cif.gz	440.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kzp.ent.gz	360.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qljS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cj9-1 6cof-d 7cj9-3 3k6k-2 4qn0-2 1xx1-1 2wfl-d 3rks-2 4l6d-2 6q35-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MysmA.01582.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

D: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

C: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.700, 86.070, 92.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein / 酸化還元酵素 / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 32835.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5903, MSMEI_5743 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0R4P1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M BisTris-HCl, pH=6.5 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日

放射

モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. all: 148600 / Num. obs: 146223 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20.1

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.68-1.72		0.46	2.94	1	90
1.72-1.77		0.4	3.8	1	98.5
1.77-1.82		0.338	4.65	1	98.6
1.82-1.88		0.252	6.04	1	98.7
1.88-1.94		0.196	7.62	1	98.9
1.94-2.01		0.164	9.24	1	98.8
2.01-2.08		0.127	11.48	1	99.1
2.08-2.17		0.096	14.76	1	99.1
2.17-2.27		0.079	17.2	1	99.1
2.27-2.38		0.065	20.01	1	99.2
2.38-2.5		0.055	23.34	1	99.3
2.5-2.66		0.049	26.22	1	99.5
2.66-2.84		0.041	30.7	1	99.5
2.84-3.07		0.034	36.12	1	99.5
3.07-3.36		0.029	41.83	1	99.9
3.36-3.76		0.024	50.14	1	99.8
3.76-4.34		0.023	54.62	1	99.8
4.34-5.31		0.02	56.71	1	99.7
5.31-7.51		0.02	54.59	1	99.7
	7.51	0.018	59.06	1	97.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.68 Å	46.39 Å
Translation	1.68 Å	46.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QLJ

3qlj

解像度: 1.68→46.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU B: 3.454 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20526	7331	5 %	RANDOM
R_work	0.17624	-	-	-
obs	0.17769	138868	98.48 %	-
all	-	148439	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0 Å²	0.89 Å²
2-	-	-1.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→46.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8276	0	76	1123	9475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	1.959	11762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.462	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.707	23.612	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.066	15	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.557	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.162	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.225	1.734	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.079	1.262	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	511	-
R_work	0.238	9320	-
obs	-	-	90.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6844	0.4367	0.0616	0.5281	-0.0389	0.2392	0.0057	0.0005	0.0337	-0.0002	-0.0104	-0.0451	-0.0342	0.0424	0.0047	0.0776	-0.0121	0.0013	0.073	0.0003	0.0673	29.4722	13.7162	22.2858
2	1.0009	0.5024	-0.2959	0.422	-0.2428	0.5357	0.1916	-0.2354	0.1135	0.2209	-0.1214	0.0234	-0.1175	0.0065	-0.0702	0.1563	-0.0337	0.0121	0.0941	-0.0164	0.0368	16.1388	10.3581	38.9098
3	1.0309	0.4977	-0.0784	0.6255	-0.1101	0.1772	-0.0075	-0.0292	0.1598	0.0424	-0.0101	-0.0208	-0.0321	0.0398	0.0176	0.0756	-0.0123	-0.0121	0.0651	-0.0053	0.0702	16.7309	13.6219	65.0671
4	1.3339	0.5825	-0.8769	0.5423	-0.6421	0.8637	0.1556	-0.3292	0.2248	0.1562	-0.0721	0.0373	-0.1004	0.1274	-0.0835	0.1674	-0.049	0.0168	0.1394	-0.0811	0.0536	3.498	8.4483	82.8144
5	0.5009	0.3093	-0.1438	0.6749	-0.0327	0.2626	-0.0217	0.0216	0.0372	0.0021	0.01	0.0626	0.0391	-0.0206	0.0118	0.0884	-0.0052	0.0071	0.0763	-0.0073	0.036	-8.2566	-5.0133	66.1113
6	1.1173	0.7701	-0.4643	0.8867	-0.2196	0.5308	0.1323	-0.2937	-0.0334	0.2921	-0.124	-0.01	0.0079	0.1776	-0.0083	0.1828	-0.006	-0.013	0.1686	-0.0116	0.0181	4.5777	-1.0611	82.9024
7	0.6463	0.1444	-0.1447	0.6037	0.0617	0.2434	-0.0233	0.0049	-0.0476	0.0032	0.0002	0.0132	0.0268	-0.0344	0.0232	0.0931	-0.0067	0.005	0.0752	-0.001	0.0334	4.8157	-5.0017	21.6518
8	0.9887	0.5985	-0.2487	0.5208	-0.0516	0.4318	0.15	-0.2601	-0.0681	0.148	-0.1515	-0.0493	0.0161	0.0543	0.0015	0.1473	-0.0265	-0.0225	0.1377	0.0253	0.0086	17.2162	-0.3165	39.3617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	212 - 308
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	17 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	212 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	17 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	213 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	17 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	213 - 313

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)