PDB-6cof: AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cof

タイトル

AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I

要素

Alpha-hydroxynitrile lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / alpha beta hydrolase globular hydroxynitrile lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / glycoside catabolic process / response to wounding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Jones, B.J. / Kazlauskas, R.J. / Desrouleaux, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: AtHNL enantioselectivity mutants
著者: Jones, B.J. / Desrouleaux, R. / Kazlauskas, R.J.

履歴

登録	2018年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cof.cif.gz	225.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cof.ent.gz	178.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/6cof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6cobC 6cocC 6codC 6coeC 6cogC 6cohC 6coiC 3dqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wfl-d 3x3h-3 1y7h-1 6cog-d 6cod-d 1y7h-3 3dqz-1 2yas-2 3wwp-2 1y7h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-hydroxynitrile lyase

B: Alpha-hydroxynitrile lyase

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.844, 87.090, 123.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Alpha-hydroxynitrile lyase / AtHNL / (R)-hydroxynitrile lyase / (R)-oxynitrilase / Methylesterase 5 / AtMES5 分子量: 29476.996 Da / 分子数: 2 / 断片: AtHNL / 変異: Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HNL, MES5, At5g10300, F18D22_70 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LFT6, (R)-mandelonitrile lyase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.94 % / Mosaicity: 0.091 ° / Mosaicity esd: 0.002 °
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M bis-tris, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97741 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月27日

放射

モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97741 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 82355 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.52-1.55	5.2	0.837	4011	0.704	0.393	0.928	0.901	99
1.55-1.57	5.2	0.693	4072	0.757	0.327	0.768	0.907	98.3
1.57-1.6	5.1	0.587	4042	0.768	0.28	0.652	0.908	98.5
1.6-1.64	5	0.531	4044	0.802	0.256	0.591	0.908	99.2
1.64-1.67	4.8	0.451	4080	0.853	0.222	0.505	0.908	97.9
1.67-1.71	4.9	0.365	3999	0.894	0.178	0.407	0.904	98
1.71-1.75	5.5	0.332	4076	0.932	0.153	0.366	0.929	99.1
1.75-1.8	5.4	0.284	4089	0.948	0.131	0.313	0.923	99.3
1.8-1.86	5.4	0.225	4120	0.966	0.104	0.248	0.946	99.4
1.86-1.92	5.4	0.193	4108	0.974	0.09	0.214	0.963	99.3
1.92-1.98	5.4	0.16	4152	0.98	0.075	0.177	0.995	99.9
1.98-2.06	5.3	0.128	4101	0.987	0.06	0.142	1.005	99.7
2.06-2.16	5	0.102	4025	0.989	0.05	0.114	0.977	97.5
2.16-2.27	5.7	0.086	4172	0.994	0.038	0.094	0.947	99.8
2.27-2.41	5.7	0.076	4155	0.995	0.034	0.083	0.997	100
2.41-2.6	5.7	0.068	4177	0.995	0.03	0.074	0.985	100
2.6-2.86	5.5	0.06	4171	0.996	0.027	0.066	0.971	99.8
2.86-3.27	5.2	0.052	4135	0.997	0.025	0.058	0.997	97.8
3.27-4.13	5.7	0.046	4270	0.997	0.021	0.05	0.984	99.6
4.13-50	5.3	0.043	4356	0.998	0.02	0.048	0.968	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdbid 3DQZ

3dqz

解像度: 1.52→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.751 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1908	4180	5.1 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.1596	78115	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.77 Å² / B_iso mean: 24.386 Å² / B_iso min: 10.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.52→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4122	0	14	359	4495
B_iso mean	-	-	35.25	32.3	-
残基数	-	-	-	-	518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.019	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.849	1.961	5874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	3	9567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.574	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.155	24.301	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.306	15	780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.804	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.179	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	977

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.56 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	279	-
R_work	0.243	5644	-
all	-	5923	-
obs	-	-	97.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5146	0.0898	0.0024	0.174	0.1062	0.5934	-0.0534	0.1293	0.0659	-0.0116	0.0219	0.0006	-0.0455	-0.064	0.0315	0.0119	-0.0014	-0.0076	0.0562	0.0173	0.014	-7.8993	-2.6605	3.3449
2	0.6818	0.0544	0.1973	0.2883	0.0354	0.1278	0.0157	-0.1123	0.0061	0.01	-0.0024	-0.0197	0.0024	0.0033	-0.0134	0.0028	-0.0031	-0.0041	0.0446	-0.0185	0.0222	9.4819	-7.492	33.2045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 259
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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