+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kre | ||||||
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Title | Structure of Human Argonaute-1 bound to endogenous Sf9 RNA | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/RNA / eukaryotic Argonaute / GENE REGULATION / RNAi / Slicer / TRANSCRIPTION-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RNA secondary structure unwinding / RISC-loading complex / RISC complex assembly ...Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / RNA secondary structure unwinding / RISC-loading complex / RISC complex assembly / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / pre-miRNA processing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / Transcriptional Regulation by VENTX / core promoter sequence-specific DNA binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of angiogenesis / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Oncogene Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Spodoptera frugiperda (fall armyworm) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.754 Å | ||||||
Authors | Faehnle, C.R. / Elkayam, E. / Joshua-Tor, L. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2013 Title: The making of a slicer: activation of human argonaute-1. Authors: Faehnle, C.R. / Elkayam, E. / Haase, A.D. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kre.cif.gz | 360.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kre.ent.gz | 289.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kre.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kre | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 97420.367 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AGO1, EIF2C1 / Plasmid: Multi-Bac, pFL / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): Sf9 / References: UniProt: Q9UL18 |
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#2: RNA chain | Mass: 6470.040 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: mixture of co-purified endogenous Sf9 RNA / Source: (natural) Spodoptera frugiperda (fall armyworm) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 13% PEG 3350, 9% iso-propanol, 0.1M Tris pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. all: 91609 / Num. obs: 91609 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.826 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.56 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.754→32.926 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8824 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.62 Å2 / Biso mean: 30.8155 Å2 / Biso min: 8.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.754→32.926 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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