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万見
- PDB-4ko4: High X-ray dose structure of anaerobically purified Dm. baculatum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ko4
タイトルHigh X-ray dose structure of anaerobically purified Dm. baculatum [NiFeSe]-hydrogenase after crystallization under air
要素
  • Nickel-dependent hydrogenase large subunit
  • Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NIFESE-SITE / H2 CLEAVAGE/PRODUCTION / SELENINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒドロゲナーゼ (受容体) / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / イレギュラー / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / 硫化水素 / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Volbeda, A. / Cavazza, C. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2013
タイトル: Structural foundations for the O2 resistance of Desulfomicrobium baculatum [NiFeSe]-hydrogenase.
著者: Volbeda, A. / Amara, P. / Iannello, M. / De Lacey, A.L. / Cavazza, C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of a reduced [NiFeSe] hydrogenase provides an image of the activated catalytic center.
著者: Garcin, E. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Volbeda, A. / Frey, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2013年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年12月25日Group: Other
改定 1.42014年4月9日Group: Other
改定 1.52014年8月6日Group: Other
改定 1.62016年6月8日Group: Atomic model
改定 1.72019年5月8日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 2.02022年10月26日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
L: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
T: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
M: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,62429
ポリマ－172,3324
非ポリマー3,29225
水33,2201844
1
S: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
L: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,78914
ポリマ－86,1662
非ポリマー1,62312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
2
T: Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit
M: Nickel-dependent hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,83415
ポリマ－86,1662
非ポリマー1,66813
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.200, 108.720, 136.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 STLM

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase small subunit / NiFeSe hydrogenlyase small chain


分子量: 30874.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
参照: UniProt: P13063, ヒドロゲナーゼ (受容体)
#2: タンパク質 Nickel-dependent hydrogenase large subunit /


分子量: 55291.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfomicrobium baculatum (バクテリア)
株: DSM 4028 / VKM B-1378 / 参照: UniProt: C7LN88, 1.18.99.1

-
非ポリマー , 8種, 1869分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUES L 492 AND M 492 HAVE THREE STATES: SEC = NON-OXIDIZED SELENOATE (CONFORMATION R); UOX = ...RESIDUES L 492 AND M 492 HAVE THREE STATES: SEC = NON-OXIDIZED SELENOATE (CONFORMATION R); UOX = SELENENATE (SE-O, CONFORMATION P, WITH NI-SE AND FE-O BOND); SE7 = SELENINATE (O=SE-O, CONFORMATION O, BOTH O'S ARE BOUND TO NI).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 4000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.7394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 107173 / Num. obs: 105522 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 16976 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Xnemoデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4KL8

4kl8


解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.691 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: isotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: use of 4 TLS groups (1/subunit)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17188 5315 5 %RANDOM
Rwork0.14837 ---
obs0.14955 100181 98.79 %-
all-107143 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.008 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å20 Å2
2---0.84 Å2-0 Å2
3---0.86 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.173 Å / Luzzati d res low obs: 0.132 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11944 0 99 1844 13887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.97717190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60451546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60424.417566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.749152152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6591565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8871.57736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5132.512563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25534957
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.61754549
LS精密化 シェル解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 383 -
Rwork0.2 6678 -
obs-7069 90.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3263-0.0226-0.060.05640.03360.1144-0.00040.0439-0.0058-0.0064-0.0115-0.02160.0110.00750.01190.0235-0.00040.00510.03990.00050.016932.49911.680.803
20.2844-0.0117-0.05560.1096-0.0230.13140.0094-0.02520.02650.0222-0.00270.0275-0.0086-0.0001-0.00670.0266-0.00170.00810.0269-0.01010.013217.13419.50319.98
30.17180.13570.05580.34390.15870.1351-0.01090.0025-0.0264-0.0122-0.00490.0462-0.0085-0.03440.01570.0292-0.0070.00980.0246-0.00770.03611.465-44.30920.063
40.14430.0854-0.01780.51090.00030.1474-0.0081-0.0016-0.00950.02260.0322-0.1201-0.02760.0067-0.02410.0195-0.0056-0.00010.0119-0.020.050933.349-32.01424.724
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1S5 - 283
2X-RAY DIFFRACTION1S301 - 303
3X-RAY DIFFRACTION2L10 - 498
4X-RAY DIFFRACTION2L501 - 504
5X-RAY DIFFRACTION2L606 - 611
6X-RAY DIFFRACTION3T5 - 283
7X-RAY DIFFRACTION3T301 - 303
8X-RAY DIFFRACTION4M10 - 498
9X-RAY DIFFRACTION4M501 - 504
10X-RAY DIFFRACTION4M623 - 629

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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