+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kke | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of AMP-bound JNK3 | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 10 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase domain (キナーゼ) / kinase (キナーゼ) / c-jun | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / 細胞老化 / rhythmic process / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Han, B.G. / Shim, M.B. / Ahn, H.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of AMP-bound JNK3 著者: Han, B.G. / Shim, M.B. / Ahn, H.C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kke.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4kke.ent.gz | 64.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kke | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42116.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10, SAPK1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P53779, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 詳細: 16% PEG MME 550, 10% Ethylene glycol, 0.1 M Hepes, 10 mM TCEP, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97951 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.85 Å / Num. obs: 19776 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→46.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.972 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.23 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
|