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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k5r | ||||||
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タイトル | The 2.0 angstrom crystal structure of MTMOIV, a baeyer-villiger monooxygenase from the mithramycin biosynthetic pathway in streptomyces argillaceus. | ||||||
要素 | Oxygenase酸素添加酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXYGENASE (酸素添加酵素) / MITHRAMYCIN / BAEYER-VILLIGER (バイヤー・ビリガー酸化) / FLAVIN BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / FAD BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces argillaceus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Noinaj, N. / Bosserman, M.A. / Rohr, J. / Buchanan, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Molecular Insight into Substrate Recognition and Catalysis of Baeyer-Villiger Monooxygenase MtmOIV, the Key Frame-Modifying Enzyme in the Biosynthesis of Anticancer Agent Mithramycin. 著者: Bosserman, M.A. / Downey, T. / Noinaj, N. / Buchanan, S.K. / Rohr, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k5r.cif.gz | 381 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k5r.ent.gz | 310.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/4k5r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57309.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces argillaceus (バクテリア) 遺伝子: mtmOIV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q194P4 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THESE CONFLICTS REPRESENT NATURAL VARIANTS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Bis-Tris 6.5, 28% PEG MME 2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月7日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.83 Å / Num. obs: 77237 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.92 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.65 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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