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Yorodumi- PDB-4k3c: The crystal structure of BamA from Haemophilus ducreyi lacking PO... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k3c | ||||||
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Title | The crystal structure of BamA from Haemophilus ducreyi lacking POTRA domains 1-3 | ||||||
Components | Outer membrane protein assembly factor BamA | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / beta-barrel membrane protein / insertase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus ducreyi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.913 Å | ||||||
Authors | Noinaj, N. / Lukacik, P. / Chang, H. / Easley, N. / Buchanan, S.K. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structural insight into the biogenesis of beta-barrel membrane proteins. Authors: Noinaj, N. / Kuszak, A.J. / Gumbart, J.C. / Lukacik, P. / Chang, H. / Easley, N.C. / Lithgow, T. / Buchanan, S.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k3c.cif.gz | 215 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k3c.ent.gz | 171.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k3c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59427.859 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus ducreyi (bacteria) / Gene: D15, bamA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q93PM2 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.33 Å3/Da / Density % sol: 71.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop, bicelles / pH: 7.5 Details: 100 mM Na-citrate, 100 mM HEPES 7.5, 12% MPD, Vapor Diffusion, Hanging Drop, bicelles, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 3, 2012 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. all: 24429 / Num. obs: 23056 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.6 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2023 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 84.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.913→19.947 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.913→19.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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