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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k26 | ||||||
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タイトル | 4,4-Dioxo-5,6-dihydro-[1,4,3]oxathiazines, a novel class of 11 -HSD1 inhibitors for the treatment of diabetes | ||||||
要素 | Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / alpha and beta proteins / NAD(P)-binding Rossman-fold / short chain dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity ...mineralocorticoid metabolic process / Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid catabolic process / regulation of pentose-phosphate shunt / glucocorticoid biosynthetic process / 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / cortisol dehydrogenase activity / 7β-ヒドロキシステロイドレダクターゼ (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / apical part of cell / NADP binding / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Loenze, P. / Schimanski-Breves, S. / Vonderheyden, C. / Engel, C.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013 タイトル: 1,1-Dioxo-5,6-dihydro-[4,1,2]oxathiazines, a novel class of 11-HSD1 inhibitors for the treatment of diabetes. 著者: Bohme, T. / Engel, C.K. / Farjot, G. / Gussregen, S. / Haack, T. / Tschank, G. / Ritter, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k26.cif.gz | 123.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k26.ent.gz | 95.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k26.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k26 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30585.680 Da / 分子数: 2 / 断片: murine 11-BETA-HSD_24-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hsd11b1, Hsd11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P50172, 11β-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.59 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES 100mM pH 7.5, (NH4)2SO4 1.7M, 1 mM NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→95.82 Å / Num. obs: 32949 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.85 Å2 / Rsym value: 0.127 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.28 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1Y5R 解像度: 2.21→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.56 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.217 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→19.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.21→2.28 Å / Total num. of bins used: 16
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