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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k0u | |||||||||
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タイトル | Pilotin/secretin peptide Complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rehman, S. / Pickersgill, R.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Anatomy of secretin binding to the Dickeya dadantii type II secretion system pilotin. 著者: Rehman, S. / Gu, S. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W. #1: ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012 タイトル: Structural and functional insights into the pilotin-secretin complex of the type II secretion system. 著者: Gu, S. / Rehman, S. / Wang, X. / Shevchik, V.E. / Pickersgill, R.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3utkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11591.064 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 1850.983 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 693-705 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic peptide C-terminal OutD (Dickeya dadantii 3937) 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
配列の詳細 | RESIDUES ARG B 1 AND ASP B 15 WERE ADDED TO THE SYNTHETIC PEPTIDE TO AID SOLUBILITY |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2% PEG 400, 0.1M HEPES sodium, 2M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.15→47.48 Å / Num. obs: 7209 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1009 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3UTK 解像度: 2.15→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.019 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.629 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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