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Yorodumi- PDB-4jrr: Crystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Leg... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jrr | ||||||
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Title | Crystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Legionella pneumophila | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Disulfide bond oxidoreductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Shumilin, I.A. / Jameson-Lee, M. / Cymborowski, M. / Domagalski, M.J. / Chertihin, O. / Kpadeh, Z.Z. / Yeh, A.J. / Hoffman, P.S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of disulfide bond oxidoreductase DsbA1 from Legionella pneumophila Authors: Shumilin, I.A. / Jameson-Lee, M. / Cymborowski, M. / Domagalski, M.J. / Chertihin, O. / Kpadeh, Z.Z. / Yeh, A.J. / Hoffman, P.S. / Anderson, W.F. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jrr.cif.gz | 241.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jrr.ent.gz | 196.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jrr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 21462.604 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / Gene: dsbA, lpg0123 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) CodonPlus RIL / References: UniProt: Q5ZZ88 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1M BTP, 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 0.02M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.91837 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2012 / Details: MIRROR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91837 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→50 Å / Num. obs: 47575 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.892 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.88→36.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.1581 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8675 / SU B: 5.988 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1376 / SU Rfree: 0.1298 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.17 Å2 / Biso mean: 32.971 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→36.98 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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