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- PDB-4iur: crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iur
タイトルcrystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide
要素
  • Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
  • SHH1 SAWADEE
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / tandem tudor / zinc finger (ジンクフィンガー) / H3K9me3 / mediate interaction / histone (ヒストン) / methylation (メチル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / : / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 色素体 / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding ...chromocenter / : / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 色素体 / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / extracellular region / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 ...SAWADEE domain / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1/2 / SAWADEE domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / SH3 type barrels. - #140 / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / SH3 type barrels. / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYMAL-4 / ヒストンH3 / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Patel, D.J. / Du, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.
著者: Law, J.A. / Du, J. / Hale, C.J. / Feng, S. / Krajewski, K. / Palanca, A.M. / Strahl, B.D. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.
履歴
登録2013年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: SHH1 SAWADEE
C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
A: SHH1 SAWADEE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2617
ポリマ－33,1693
非ポリマー1,0924
水1,08160
1
B: SHH1 SAWADEE
C: Histone H3.2, H3(1-15)K9me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9344
ポリマ－17,3892
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
2
A: SHH1 SAWADEE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3273
ポリマ－15,7811
非ポリマー5462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.341, 56.152, 58.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SHH1 SAWADEE / Uncharacterized protein


分子量: 15780.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SHH1 SAWADEE domain (unp residues 125-258) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F9L1.16, At1g15215, AT1G15215 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9XI47
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.2, H3(1-15)K9me3


分子量: 1607.877 Da / 分子数: 1 / 断片: H3(1-15) K9me3 peptide (unp residues 2-16) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59226
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CVM / CYMAL-4 / 4-CYCLOHEXYLBUTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4-シクロヘキシルブチルβ-マルトシド


分子量: 480.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H40O11
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: SI MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 12209 / Num. obs: 12197 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1202 / Rsym value: 0.541 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IUP

4iup


解像度: 2.501→40.572 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 580 4.76 %RANDOM
Rwork0.2147 ---
obs0.2166 12173 99.75 %-
all-12753 --
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.138 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9995 Å20 Å2-3.1421 Å2
2--12.1652 Å20 Å2
3----0.1657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→40.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 46 60 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9463148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.748898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5009-2.75250.39541510.31152877X-RAY DIFFRACTION100
2.7525-3.15070.36621380.24582875X-RAY DIFFRACTION100
3.1507-3.9690.23931470.21342890X-RAY DIFFRACTION100
3.969-40.57710.19291440.18232951X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8339-0.5310.05920.53230.09420.11370.0303-0.25880.137-0.13110.0646-0.10740.12650.16650.11560.16610.06960.03160.21590.01690.1796-35.27351.9161-19.4214
20.65850.359-0.09790.3337-0.1640.2427-0.131-0.28320.00280.07930.06550.1721-0.04110.06420.04040.24030.0373-0.00870.2210.07250.2972-37.5655-0.1393-17.7361
30.3269-0.06370.34840.5728-0.24170.36740.0119-0.43980.03470.2264-0.2838-0.572-0.20540.2859-0.08640.21050.0252-0.12370.54780.2145-0.0336-17.3512-1.9753-10.5338
40.24360.3087-0.10580.7031-0.2160.15130.026-0.2526-0.2220.1507-0.0089-0.1595-0.04170.30170.09930.3462-0.0682-0.01960.48310.110.2866-16.7993.3712-7.6901
50.03920.1228-0.09220.4216-0.29920.21640.0491-0.1092-0.06340.0774-0.1722-0.3821-0.01660.25770.19060.37650.01040.010.78750.22960.616-4.1766-8.5861-8.6128
60.24530.06690.23360.1586-0.07140.4487-0.0884-0.27630.15230.2917-0.1011-0.0514-0.07430.12170.1070.2752-0.0385-0.06420.52020.09240.2598-17.05752.6711-7.0739
71.7419-0.0047-0.21421.24750.46221.5138-0.06410.19430.28070.0558-0.1272-0.120.46730.05310.08630.30150.0085-0.10280.48280.02770.3609-28.0571-7.439-6.3475
80.1816-0.2070.24530.3569-0.19460.4550.1112-0.0762-0.0898-0.0787-0.2896-0.12220.0820.01850.09670.1893-0.06240.01250.28160.0220.3313-5.5520.3884-22.8286
90.6361-0.5370.32550.88360.51481.61530.1474-0.3224-0.1225-0.06820.1237-0.194-0.1648-0.3526-0.02910.11520.00660.0090.13890.02490.2335-18.515623.274-23.1103
100.45270.10390.08610.13380.34951.0036-0.17910.0568-0.233-0.24370.0076-0.45340.46940.02620.16740.5855-0.02410.12630.4292-0.03190.9653-10.186610.1468-27.9292
110.9252-0.08580.21160.13130.21790.4043-0.2748-0.28780.20230.03150.1946-0.00440.17210.0602-0.00320.24550.0060.00260.25730.01930.17312.784122.3807-17.4877
121.4185-0.03690.12530.52690.21070.1527-0.0963-0.41060.01240.2817-0.04170.19160.1798-0.17550.04750.28540.04160.01610.2503-0.03860.19476.343519.5588-10.4307
132.2616-0.7109-0.98560.5160.75551.2107-0.0363-0.99030.02190.1720.1739-0.15780.41650.6226-0.05730.2120.0173-0.03450.3681-0.02110.23311.869720.8931-12.6593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 124:155)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 156:181)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 182:209)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 210:221)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 222:232)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 233:256)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 125:145)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 146:162)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 163:170)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 171:208)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 209:221)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resseq 222:257)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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