PDB-4jpi: Crystal structure of a putative VRC01 germline precursor Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jpi

タイトル

Crystal structure of a putative VRC01 germline precursor Fab

要素

Putative VRC01 germline Fab heavy chain
Putative VRC01 germline Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / anti-HIV-1 /

gp120 (Gp120 (HIV)) / CD4 binding site-targeting / VRC01 broadly neutralizing antibody

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Julien, J.-P. / Diwanji, D.C. / Jardine, J. / Schief, W.R. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Rational HIV immunogen design to target specific germline B cell receptors.
著者: Jardine, J. / Julien, J.P. / Menis, S. / Ota, T. / Kalyuzhniy, O. / McGuire, A. / Sok, D. / Huang, P.S. / MacPherson, S. / Jones, M. / Nieusma, T. / Mathison, J. / Baker, D. / Ward, A.B. / ...

履歴

登録	2013年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jpi.cif.gz	347.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jpi.ent.gz	285 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jpjC 4jpkC 3ngbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cd3-2 4hij-1 5i16-2 3ejy-4 4hih-2 3idi-d 3eyq-d 6uga-2 4jfy-1 4trp-d 4nyl-3 4lly-2 6pyd-2 3mxv-d 4j1u-1 4hie-d 1mfe-d 1r24-3 7kzc-2 6kvf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Putative VRC01 germline Fab heavy chain

L: Putative VRC01 germline Fab light chain

A: Putative VRC01 germline Fab heavy chain

B: Putative VRC01 germline Fab light chain

ヘテロ分子

99.6 kDa, 4 ポリマー
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1

H: Putative VRC01 germline Fab heavy chain

L: Putative VRC01 germline Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Putative VRC01 germline Fab heavy chain

B: Putative VRC01 germline Fab light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	172.440, 172.440, 92.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: 抗体	Putative VRC01 germline Fab heavy chain 分子量: 26557.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Putative VRC01 germline Fab light chain 分子量: 23035.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M lithium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→86.22 Å / Num. all: 59819 / Num. obs: 59809 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.03 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.521 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NGB CHAINS H AND L

3ngb

解像度: 2.1→44.149 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2143	2914	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1747	55486	-	-
obs	0.1766	58400	97.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.62 Å² / B_iso mean: 42.283 Å² / B_iso min: 14.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6488	0	30	387	6905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	9058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1006
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.563	2385

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1345	0.2981	131	0.2524	2551	2682	94
2.1345-2.1713	0.3065	136	0.2489	2573	2709	95
2.1713-2.2107	0.2586	129	0.2278	2548	2677	94
2.2107-2.2533	0.2737	139	0.2333	2565	2704	96
2.2533-2.2993	0.2863	142	0.2305	2596	2738	96
2.2993-2.3492	0.2286	132	0.2269	2595	2727	96
2.3492-2.4039	0.3251	138	0.2303	2612	2750	97
2.4039-2.464	0.3068	135	0.2298	2598	2733	96
2.464-2.5306	0.2806	141	0.2196	2649	2790	97
2.5306-2.6051	0.2946	145	0.2185	2655	2800	98
2.6051-2.6891	0.264	139	0.2067	2635	2774	98
2.6891-2.7852	0.2371	140	0.2025	2653	2793	98
2.7852-2.8967	0.2459	140	0.1951	2664	2804	99
2.8967-3.0286	0.2285	140	0.1795	2673	2813	99
3.0286-3.1882	0.2181	139	0.1728	2703	2842	99
3.1882-3.3879	0.1927	137	0.1631	2675	2812	100
3.3879-3.6493	0.1839	143	0.1452	2727	2870	100
3.6493-4.0163	0.2028	141	0.1452	2713	2854	100
4.0163-4.597	0.157	144	0.1242	2689	2833	100
4.597-5.7897	0.1574	142	0.1384	2711	2853	100
5.7897-44.159	0.1753	141	0.1668	2701	2842	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0796	-4.2953	0.0971	6.506	0.4894	1.524	0.008	-0.2693	-0.207	0.3425	0.0803	0.2786	0.072	-0.0837	-0.0982	0.2015	-0.0604	0.0119	0.2532	0.0333	0.2094	-1.6809	24.9737	-22.8747
2	5.1508	-1.0354	0.8534	2.3983	-0.148	1.4967	0.0395	0.21	-0.2683	-0.1943	-0.06	0.2144	0.0986	-0.1022	0.0227	0.2458	-0.0325	-0.0159	0.2068	0.013	0.1907	-0.7706	24.4974	-32.735
3	9.1901	-6.1366	0.3633	8.2879	1.7902	1.6416	0.4338	0.5523	-0.7986	-0.5108	-0.3577	0.4484	0.1169	-0.1025	-0.0715	0.283	-0.0088	-0.0569	0.242	0.0272	0.2567	2.0858	16.2498	-29.7998
4	2.04	0.6384	-0.5405	3.8751	0.2812	2.5504	-0.0129	0.206	0.121	0.0956	0.0196	0.285	-0.2767	-0.1702	-0.0163	0.1722	-0.0071	-0.0134	0.2265	0.0002	0.1817	3.6382	31.2242	-27.7622
5	4.6795	1.0543	4.0756	3.452	2.0703	6.2802	0.2894	-0.3337	-0.4668	0.3103	-0.0748	0.0846	0.3884	-0.3085	-0.2295	0.2657	-0.0173	-0.0119	0.24	0.029	0.273	26.6037	15.2626	-8.2491
6	5.5705	3.0054	3.0961	5.0118	3.6995	7.1538	-0.0417	0.07	0.457	-0.1085	-0.1959	-0.1536	-0.0922	0.2216	0.2051	0.18	-0.0008	0.0167	0.2984	0.0874	0.3404	24.2729	39.5865	-33.7265
7	4.7288	-0.5383	1.8448	4.6845	-3.477	7.4839	0.0496	0.5664	0.1722	-0.5262	-0.0076	-0.0272	0.2494	0.071	-0.0671	0.2015	-0.0319	-0.0057	0.2319	0.0535	0.2293	13.5401	40.1115	-38.2254
8	3.6838	-0.6117	-1.0138	4.9276	0.0692	2.4891	0.0622	-0.0307	0.366	0.0803	-0.0801	-0.2881	-0.1937	0.315	-0.0056	0.171	-0.015	-0.0132	0.2273	0.0123	0.2074	13.2299	43.8647	-29.8125
9	3.192	2.6376	4.2107	7.8228	2.6967	6.002	0.3227	-0.5029	0.0739	0.4182	-0.3562	-0.4984	0.1309	-0.138	0.0671	0.2102	-0.0453	0.048	0.3621	0.0367	0.2453	16.3754	37.7237	-30.7637
10	7.9949	-4.0208	6.0126	2.0314	-3.084	4.3343	-0.3633	-0.0365	-0.0499	0.2635	0.3316	0.1093	-0.093	-0.181	-0.0491	0.2163	-0.0008	-0.0137	0.273	-0.0003	0.2301	33.6271	35.3436	-23.5177
11	5.8588	4.716	-0.3329	9.2282	-3.4717	3.4343	0.2837	-0.4371	-0.5876	0.676	-0.209	-0.4221	0.1002	0.0754	-0.0663	0.3889	0.0414	-0.1058	0.3201	-0.0013	0.2973	36.425	8.2014	-9.9201
12	1.2846	-0.5319	0.3726	6.5748	-0.5159	1.7077	0.0707	0.2745	-0.3411	-0.3121	0.0083	-0.322	0.283	0.1291	-0.093	0.2564	0.0013	-0.0245	0.264	-0.0519	0.2974	38.204	16.2263	-22.0586
13	2.3073	1.2752	0.3318	3.2964	-1.6304	2.5082	0.0119	-0.0866	-0.1959	0.3231	0.0428	-0.6029	0.0998	0.0445	0.0076	0.3188	0.0081	-0.0607	0.2875	-0.0513	0.2678	40.0267	16.0511	-18.3339
14	7.9046	-1.3267	2.9395	2.1701	-1.1356	3.3027	-0.0193	0.5076	-0.0646	-0.5341	0.0607	-0.2714	0.3496	0.2344	-0.0838	0.4146	-0.0146	0.0755	0.1988	-0.0408	0.2696	31.0919	0.3958	-54.9036
15	2.7224	-1.2727	1.8367	7.9065	-3.394	4.3951	-0.0708	-0.1794	0.0072	-0.1237	0.0936	-0.0199	-0.0462	-0.3134	0.007	0.2841	-0.0158	0.0295	0.2754	0.005	0.212	24.4193	3.5264	-45.4237
16	2.1743	-0.5453	1.6819	1.8937	-0.7141	3.0799	-0.0916	-0.0286	-0.1624	-0.3145	0.15	0.0228	0.1914	-0.0674	-0.1065	0.3103	-0.0337	0.06	0.221	0.0034	0.2164	25.2466	3.3784	-53.7413
17	4.2089	1.3126	-1.6114	3.2927	-2.1762	4.9139	0.1253	0.2842	-0.0617	-0.2812	-0.0156	0.2311	-0.0376	-0.0597	-0.1232	0.4003	-0.0033	-0.009	0.2572	-0.0458	0.2484	16.4473	23.5361	-78.5945
18	4.5092	2.273	-3.3523	4.9558	-2.6292	6.3657	-0.1123	-0.1863	0.1127	0.1129	-0.1131	0.0541	-0.5524	0.3508	0.231	0.3534	0.014	-0.0585	0.2254	-0.0403	0.2634	27.9249	30.6022	-45.2835
19	4.0662	-0.6009	-0.5674	6.179	0.5528	5.6453	-0.1794	-0.0663	0.1081	-0.1336	0.1118	-0.1378	-0.1799	0.1002	0.0186	0.1693	-0.0026	-0.0181	0.1761	-0.0055	0.1918	31.8393	20.7409	-42.9794
20	4.827	1.6272	-1.2764	6.6268	-2.5312	6.4403	-0.2096	-0.0719	-0.0349	0.0632	0.1093	-0.5728	-0.3107	0.5189	0.0992	0.2144	-0.0284	-0.0136	0.218	-0.0404	0.2419	38.8476	24.1982	-41.0433
21	4.9303	2.2951	0.1032	8.6956	-4.6124	6.9522	-0.2043	-0.1987	0.008	-0.1826	0.0137	0.0072	-0.1208	0.2847	0.1773	0.3513	0.019	0.0561	0.2654	-0.0682	0.2212	30.7188	22.6325	-46.7822
22	2.2861	-3.1071	3.1898	5.0888	-3.9305	4.3954	-0.2762	0.0486	-0.1048	0.1246	0.2848	-0.29	-0.4657	-0.0136	0.0929	0.4511	-0.0034	-0.0355	0.2906	-0.0101	0.3221	24.7768	37.9559	-58.6971
23	6.8823	1.2821	2.8474	5.1281	0.9809	3.4277	-0.0419	0.1205	-0.0831	-0.289	-0.0366	0.4741	-0.1495	-0.3034	0.1083	0.343	0.0375	0.0134	0.238	-0.0112	0.301	8.1697	31.3281	-70.9434
24	7.2876	-0.9014	-0.0811	2.7397	0.0092	3.2102	0.0394	-0.3222	0.2433	0.2962	-0.2085	0.8298	-0.324	-0.9472	0.1496	0.487	0.0079	0.1082	0.5368	-0.112	0.4793	1.9444	30.0596	-64.3405
25	2.054	3.9768	4.3871	2.071	6.8	8.152	-0.2336	0.3659	-0.2301	-0.1032	0.0162	-0.6571	-0.2119	0.2369	0.2135	0.56	-0.0855	-0.0051	0.2908	0.0205	0.3597	25.6245	32.6477	-64.5769
26	4.9117	1.1128	1.3299	7.6819	1.854	2.9427	-0.2585	-0.1332	0.3557	-0.2724	-0.3024	1.4074	-0.3385	-0.6945	0.5111	0.4581	0.1118	-0.0375	0.4632	-0.1027	0.4966	1.9411	34.5946	-70.7519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 33 )	H
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 34 through 75 )	H
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 76 through 87 )	H
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 88 through 111 )	H
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 112 through 213 )	H
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 2 through 18 )	L
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 19 through 38 )	L
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 39 through 75 )	L
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 76 through 101 )	L
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 102 through 115 )	L
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 116 through 130 )	L
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 131 through 165 )	L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 166 through 213 )	L
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 1 through 33 )	A
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 34 through 66 )	A
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 67 through 119 )	A
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 120 through 213 )	A
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 2 through 18 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 19 through 48 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 49 through 75 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 76 through 102 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 103 through 115 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 116 through 152 )	B
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 153 through 165 )	B
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 166 through 176 )	B
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 177 through 214 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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