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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jmh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of synthetic protein in complex with double pY peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / Synthetic protein / binding to double pY containing sequence | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of superoxide metabolic process / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / XBP1(S) activates chaperone genes / neurotrophin TRKA receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / Shc-EGFR complex / epidermal growth factor binding / epidermal growth factor receptor binding ...regulation of superoxide metabolic process / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / XBP1(S) activates chaperone genes / neurotrophin TRKA receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / Shc-EGFR complex / epidermal growth factor binding / epidermal growth factor receptor binding / Signaling by ALK / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signal attenuation / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Tie2 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / insulin-like growth factor receptor binding / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / SHC1 events in ERBB2 signaling / Integrin signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / negative regulation of angiogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / insulin receptor binding / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / phospholipid binding / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / 細胞接着 / GPER1 signaling / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / insulin receptor signaling pathway / heart development / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / 血管新生 / positive regulation of MAPK cascade / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / ミトコンドリアマトリックス / defense response to bacterium / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.408 Å | ||||||
データ登録者 | Yasui, N. / Smith, L. / Koide, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014 タイトル: Directed network wiring identifies a key protein interaction in embryonic stem cell differentiation. 著者: Yasui, N. / Findlay, G.M. / Gish, G.D. / Hsiung, M.S. / Huang, J. / Tucholska, M. / Taylor, L. / Smith, L. / Boldridge, W.C. / Koide, A. / Pawson, T. / Koide, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jmh.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jmh.ent.gz | 38.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jmh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jmh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22333.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1739.625 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 344-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHC, SHC1, SHCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29353 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.66% ammonium sulfate, 2.32% PEG400, 0.1 M HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03316 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 9059 / Num. obs: 9059 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 21.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JMG 解像度: 2.408→32.173 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.408→32.173 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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