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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j4u | ||||||
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タイトル | Pentamer SFTSVN | ||||||
要素 | Nucleocapsid proteinウイルス | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / nucleocapsid protein (ウイルス) / nucleoprotein (核タンパク質) / nucleocapsid (カプシド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Phlebovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å | ||||||
データ登録者 | Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. ...Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013 タイトル: Structure of severe Fever with thrombocytopenia syndrome virus nucleocapsid protein in complex with suramin reveals therapeutic potential 著者: Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Peng, Y. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4j4u.cif.gz | 462 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4j4u.ent.gz | 381.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4j4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/4j4u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27289.492 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebovirus (ウイルス) / 株: JS2010-018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WJ72 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→43.81 Å / Num. all: 35894 / Num. obs: 38804 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 42.86 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4J4R 解像度: 2.803→43.808 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7714 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 167.1 Å2 / Biso mean: 36.5286 Å2 / Biso min: 7.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.803→43.808 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.1412 Å / Origin y: -7.579 Å / Origin z: 22.1952 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |