[日本語] English
万見
- PDB-4j4r: Hexameric SFTSVN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j4r
タイトルHexameric SFTSVN
要素Nucleocapsid proteinウイルス
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / nucleocapsid protein (ウイルス) / nucleoprotein (核タンパク質) / nucleocapsid (カプシド)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid, Phlebovirus/Tenuivirus / Nucleocapsid, Phlebovirus / Tenuivirus/Phlebovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Phlebovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. ...Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure of severe Fever with thrombocytopenia syndrome virus nucleocapsid protein in complex with suramin reveals therapeutic potential
著者: Jiao, L. / Ouyang, S. / Liang, M. / Niu, F. / Shaw, N. / Wu, W. / Ding, W. / Jin, C. / Peng, Y. / Zhu, Y. / Zhang, F. / Wang, T. / Li, C. / Zuo, X. / Luan, C.H. / Li, D. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2891
ポリマ－27,2891
非ポリマー00
水5,567309
1
A: Nucleocapsid protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7376
ポリマ－163,7376
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area19950 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area66820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.995, 103.995, 48.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-577-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleocapsid protein / ウイルス / SFTSVN


分子量: 27289.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebovirus (ウイルス) / 株: JS2010-018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WJ72
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 8% PEG 8000, 0.1 M NaAc, 0.2 M ZnAc2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.031 Å / Num. all: 22407 / Num. obs: 21239 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 61.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIXphenix.refine: 1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OV9

3ov9


解像度: 1.9→45.031 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8861 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1168 5.21 %RANDOM
Rwork0.1789 21239 --
obs0.1802 21239 93.35 %-
all-22407 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.88 Å2 / Biso mean: 24.5798 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1914 0 0 309 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0192643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066300
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.033724
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8996-1.9860.2444910.19131890198167
1.986-2.09070.21911360.1932343247983
2.0907-2.22170.21881710.17762705287697
2.2217-2.39320.22191530.179628382991100
2.3932-2.6340.2251410.188428312972100
2.634-3.01510.19641550.18828473002100
3.0151-3.79850.19631580.163728653023100
3.7985-45.04380.1851630.177729203083100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る