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- PDB-4j2v: Crystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with 3,5-dii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j2v
タイトルCrystal Structure of Equine Serum Albumin in complex with 3,5-diiodosalicylic acid
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Equine serum albumin / Helical / Serum Albumin Superfamily / Transport / Fatty acids (脂肪酸) / metabolites and drugs / Plasma
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / ギ酸 / マロン酸 / アルブミン
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Sekula, B. / Bujacz, A. / Zielinski, K. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic studies of the complexes of bovine and equine serum albumin with 3,5-diiodosalicylic acid.
著者: Sekula, B. / Zielinski, K. / Bujacz, A.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,55521
ポリマ－65,8541
非ポリマー2,70120
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.880, 88.880, 134.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin /


分子量: 65854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-607 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Plasma / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物
ChemComp-DIU / 2-HYDROXY-3,5-DIIODO-BENZOIC ACID / 2-HYDROXY-3,5-DIIODOBENZOIC ACID / 3,5-ジヨ-ドサリチル酸


分子量: 389.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4I2O3
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 85% Tacsimate, cocrystallization with 3,5-diiodosalicylic acid, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.932 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→33.39 Å / Num. all: 34046 / Num. obs: 34024 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.75 % / Biso Wilson estimate: 43.317 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.67
反射 シェル解像度: 2.12→2.22 Å / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.925 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 4379 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
REFMAC(rigid body refinement)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC(rigid body refinement)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F5U

4f5u


解像度: 2.12→33.39 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 1077 3.17 %random
Rwork0.1814 ---
all0.1832 34046 --
obs0.1832 34019 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→33.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4594 0 125 231 4950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8636520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1361831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095703
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008859
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1201-2.21660.36291230.27754091X-RAY DIFFRACTION100
2.2166-2.33340.34031300.25774146X-RAY DIFFRACTION100
2.3334-2.47960.30141270.2374103X-RAY DIFFRACTION100
2.4796-2.6710.2921440.22754080X-RAY DIFFRACTION100
2.671-2.93960.23951380.20024105X-RAY DIFFRACTION100
2.9396-3.36460.2431410.17544120X-RAY DIFFRACTION100
3.3646-4.23770.20841430.14424138X-RAY DIFFRACTION100
4.2377-33.39730.19991310.15724159X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7596-0.391-0.52584.1619-0.5931.42630.22960.05080.25770.34380.0844-0.1429-0.35540.0472-0.28050.48430.1173-0.00140.3051-0.02010.27-38.44839.937221.4436
28.83541.102-2.49912.46540.46493.723-0.0441-0.5120.28060.99980.15860.3431-0.0633-0.284-0.11160.68180.19130.05270.35750.01540.3119-46.978227.56834.3241
36.3543-0.8938-2.02082.8338-0.06963.0147-0.2331-0.0281-0.47310.58210.14830.6017-0.1361-0.78490.11190.39260.10490.1090.41870.0430.3099-51.268420.065628.8762
42.42130.4055-0.15614.21770.0991.7522-0.10090.230.1347-0.0505-0.02250.0203-0.0697-0.01480.12350.23020.0223-0.02830.23030.02470.1515-38.163418.56858.6295
51.99541.10520.75668.43950.76912.172-0.06440.33380.1156-0.05760.06160.7477-0.0737-0.58520.02280.2540.1259-0.00170.55490.05180.2772-52.156619.41928.7713
69.0506-1.7988-2.96352.81511.53125.55750.09580.84280.4462-0.6387-0.0796-0.0727-0.2335-0.1796-0.01940.4009-0.0384-0.01150.28940.02710.2206-34.60394.671-4.044
77.6916-0.0716-5.48295.04790.46839.7219-0.19330.0149-0.2623-0.36470.0699-0.41690.10040.75220.06790.2853-0.0316-0.03770.25090.00580.1752-27.95692.11812.9611
82.68940.2557-2.56250.30320.36157.4136-0.4406-0.0267-0.52-0.1511-0.0261-0.17220.91170.37150.49860.4973-0.01870.09230.17580.01750.3225-33.1225-5.182914.0399
95.1730.21130.31761.0020.33152.07220.1920.2264-0.00170.1579-0.1914-0.06580.065-0.02710.01620.25650.0101-0.00390.13720.03260.1637-30.65583.110734.3988
101.46440.66731.52062.53981.56426.3562-0.0367-0.0333-0.09460.2186-0.04810.060.3306-0.24550.10690.18730.0470.01470.15050.00540.1665-35.80778.162526.4642
116.64361.23532.7224.25431.37795.73960.21470.33550.0033-0.027-0.1745-0.58560.64320.640.00140.21920.04360.03360.1970.03350.2605-22.00896.759124.4712
127.1123-1.3926-4.33063.44251.18767.74740.0508-0.22340.1640.8426-0.1656-0.1713-0.4283-0.03430.08870.507-0.041-0.04530.15190.05470.2117-30.85987.09746.647
135.2067-3.0196-0.76025.20192.26331.90490.214-0.2698-0.27190.5062-0.23950.09170.3129-0.02030.01920.5907-0.0593-0.07690.23290.06430.2845-32.8139-0.467752.5247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 3:106)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 107:147)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 148:198)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 199:250)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 251:295)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resseq 296:336)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resseq 337:366)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resseq 367:398)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resseq 399:417)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resseq 418:468)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resseq 469:497)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resseq 498:537)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resseq 538:583)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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