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Yorodumi- PDB-4e99: Human Serum Albumin Complex with Perfluorooctane Sulfonate Potassium -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4.0E+99 | ||||||
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Title | Human Serum Albumin Complex with Perfluorooctane Sulfonate Potassium | ||||||
Components | Serum albumin | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / PLASMA PROTEIN / TRANSPORTER / DRUG BINDING / EXTRACELLULAR | ||||||
Function / homology | Function and homology information cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Luo, Z.P. / Shi, X.L. / Huang, M.D. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Res.Toxicol. / Year: 2012 Title: Structural evidence of perfluorooctane sulfonate transport by human serum albumin Authors: Luo, Z.P. / Shi, X.L. / Hu, Q. / Zhao, B. / Huang, M.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e99.cif.gz | 233 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e99.ent.gz | 188.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e99.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/4e99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/4e99 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3lu8S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66571.219 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ALB / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P02768 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: evaporation, recrystallization / pH: 7.5 Details: 30-36% PEG3350, 50mM potassium phosphate, pH 7.5, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9321 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9321 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→99 Å / Num. obs: 21658 / % possible obs: 99.5 % |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3LU8 Resolution: 2.3→54.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 24.368 / SU ML: 0.285 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.704 / ESU R Free: 0.303 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 59.902 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→54.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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