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Yorodumi- PDB-4iu3: Cohesin-dockerin -X domain complex from Ruminococcus flavefacience -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iu3 | ||||||
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Title | Cohesin-dockerin -X domain complex from Ruminococcus flavefacience | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Beta sandwich / cellulose degradation | ||||||
Function / homology | Function and homology information polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ruminococcus flavefaciens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.97 Å | ||||||
Authors | Salama-Alber, O. / Bayer, E. / Frolow, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Atypical Cohesin-Dockerin Complex Responsible for Cell Surface Attachment of Cellulosomal Components: BINDING FIDELITY, PROMISCUITY, AND STRUCTURAL BUTTRESSES. Authors: Salama-Alber, O. / Jobby, M.K. / Chitayat, S. / Smith, S.P. / White, B.A. / Shimon, L.J. / Lamed, R. / Frolow, F. / Bayer, E.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4iu3.cif.gz | 210.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4iu3.ent.gz | 169.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4iu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/4iu3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22712.037 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 29-230 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruminococcus flavefaciens (bacteria) / Strain: FD-1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0AEF6 | ||||
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#2: Protein | Mass: 26505.818 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 565-803 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruminococcus flavefaciens (bacteria) / Strain: FD-1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0AEF5 | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris pH 8.5, ammonium sulfate 1.8 M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.97833 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 13, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97833 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→20 Å / Num. obs: 46047 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.97→19.637 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→19.637 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 72.2883 Å / Origin y: 50.253 Å / Origin z: 65.9724 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |