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Yorodumi- PDB-4irl: X-ray structure of the CARD domain of zebrafish GBP-NLRP1 like protein -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4irl | |||||||||
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Title | X-ray structure of the CARD domain of zebrafish GBP-NLRP1 like protein | |||||||||
Components | Maltose-binding periplasmic protein, Novel protein similar to vertebrate guanylate binding protein family | |||||||||
Keywords | APOPTOSIS / CARD / death fold superfamily / six-helix bundle / inflammasome / innate immune system / signal transduction | |||||||||
Function / homology | Function and homology information detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / periplasmic space / inflammatory response / innate immune response / GTPase activity / DNA damage response / GTP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Danio rerio (zebrafish) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.47 Å | |||||||||
Authors | Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Xiao, T. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2013 Title: Structure of the caspase-recruitment domain from a zebrafish guanylate-binding protein. Authors: Jin, T. / Huang, M. / Smith, P. / Jiang, J. / Xiao, T.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4irl.cif.gz | 586.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4irl.ent.gz | 483 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4irl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/4irl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 6 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 52318.109 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: Zebrafish GBP-NLRP1 CARD domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli), (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) Strain: K12 Gene: b4034, GBP-NLRP1, JW3994, malE, CH211-195H23.5-001, gbp3 Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P0AEX9, UniProt: B0V1H4 #2: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 6 types, 1938 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20% PEG1000, 0.2 M Sodium Malonate, 0.1 M MES 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.97 Å |
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Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.447→50 Å / Num. all: 260018 / Num. obs: 243247 / % possible obs: 93.55 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Net I/σ(I): 8.17 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.47→29.434 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.47→29.434 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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