+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qen | ||||||
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Title | The walker-type atpase paby2304 of pyrococcus abyssi | ||||||
Components | WALKER-TYPE ATPASE | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / PYROCOCCUS ABYSSI / ATPASE / WALKER-TYPE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus abyssi (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Uhring, M. / Bey, G. / Lecompte, O. / Moras, D. / Poch, O. / Cavarelli, J. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The walker-type atpase paby2304 of pyrococcus abyssi Authors: Uhring, M. / Bey, G. / Lecompte, O. / Moras, D. / Poch, O. / Cavarelli, J. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2005 Title: Cloning, purification and crystallization of a Walker-type Pyrococcus abyssi ATPase family member. Authors: Uhring, M. / Bey, G. / Lecompte, O. / Cavarelli, J. / Moras, D. / Poch, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qen.cif.gz | 88.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qen.ent.gz | 66.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qen.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qen | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40700.000 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F21S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus abyssi (archaea) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: Q9V2L3 |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Chemical | ChemComp-ADP / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.13 % |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 20% PEG 3350, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 297K, pH 6.50 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.2836,0.849972 | |||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Sep 9, 2005 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.25→28.3 Å / Num. obs: 18280 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.3 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 91.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.25→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 12.159 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.331 / ESU R Free: 0.238 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.13 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→28.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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