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- PDB-4ioi: Meditope-enabled trastuzumab in complex with CQFDLSTRRLKC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ioi
タイトルMeditope-enabled trastuzumab in complex with CQFDLSTRRLKC
要素
  • Immunoglobulin G-binding protein A
  • Protein L
  • Trastuzumab heavy chainトラスツズマブ
  • Trastuzumab light chainトラスツズマブ
  • meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / monoclonal antibody (モノクローナル抗体) / cancer immunotherapy (がん免疫療法)
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / immunoglobulin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat ...Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Immunoglobulin FC, subunit C / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ubiquitin-like (UB roll) / 抗体 / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A / Protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Finegoldia magna (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Zer, C. / Avery, K.N. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Identification and grafting of a unique peptide-binding site in the Fab framework of monoclonal antibodies.
著者: Donaldson, J.M. / Zer, C. / Avery, K.N. / Bzymek, K.P. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trastuzumab light chain
B: Trastuzumab heavy chain
H: Immunoglobulin G-binding protein A
E: Protein L
C: meditope


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8695
ポリマ－61,8695
非ポリマー00
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.310, 105.110, 117.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 ABH

#1: 抗体 Trastuzumab light chain / トラスツズマブ


分子量: 23502.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Trastuzumab heavy chain / トラスツズマブ


分子量: 23774.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein A / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A


分子量: 6124.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: spa, SAV0111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A015

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 543分子 EC

#4: タンパク質 Protein L /


分子量: 6994.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: T34I, D55A, Y73N, T74H, I75M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51918
#5: タンパク質・ペプチド meditope


分子量: 1472.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 3350, 25 mM NaCl, 50 mM Hepes, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月1日
放射モノクロメーター: Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→33.58 Å / Num. all: 48788 / Num. obs: 44759 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→33.579 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2044 2246 5.02 %
Rwork0.1757 --
obs0.1772 44750 91.76 %
all-48788 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4295 0 0 541 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.096211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5021676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99570.26581670.22252795X-RAY DIFFRACTION98
1.9957-2.04210.2281620.1922833X-RAY DIFFRACTION100
2.0421-2.09310.25241310.18322864X-RAY DIFFRACTION100
2.0931-2.14970.21811360.1842861X-RAY DIFFRACTION100
2.1497-2.2130.25761500.22272817X-RAY DIFFRACTION98
2.213-2.28440.4327700.3651157X-RAY DIFFRACTION41
2.2844-2.3660.27731340.22282662X-RAY DIFFRACTION93
2.366-2.46070.22331550.19432872X-RAY DIFFRACTION100
2.4607-2.57270.2171560.18572866X-RAY DIFFRACTION100
2.5727-2.70820.21841460.18322887X-RAY DIFFRACTION100
2.7082-2.87780.2551490.1752893X-RAY DIFFRACTION100
2.8778-3.09990.19141640.1752903X-RAY DIFFRACTION100
3.0999-3.41160.18011430.16212899X-RAY DIFFRACTION100
3.4116-3.90460.1825600.15151146X-RAY DIFFRACTION39
3.9046-4.91690.1621620.12912961X-RAY DIFFRACTION100
4.9169-33.58350.15271610.16723088X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41360.73550.30424.3789-3.57555.78350.0651-0.019-0.01640.1322-0.00460.10580.2690.0035-0.09310.17770.01160.02730.18270.00070.2124-18.857-34.835310.3026
22.1321-0.3818-0.26952.1223-0.35880.8066-0.0590.0359-0.16380.12140.0381-0.15240.09640.30010.02480.13480.01840.0070.2004-0.00180.1931-10.3013-28.60228.3032
30.8552-0.60010.25753.9177-2.52963.864-0.052-0.0868-0.03170.18690.007-0.09950.00680.15130.06020.13230.0018-0.00840.1771-0.00990.1532-15.1751-26.709810.562
4-0.02020.0523-0.09842.5657-4.93739.4755-0.00180.08350.0238-0.2872-0.089-0.26750.6305-0.09990.05510.26680.02010.04040.1770.01330.1774-20.073-37.581427.5564
52.7921-2.3698-0.91185.90411.22471.86990.1488-0.01890.23670.33820.16630.2294-0.5333-0.4457-0.26660.40870.06760.10630.2870.08670.2445-31.8609-26.107942.7201
63.73750.792-3.48181.2834-0.18233.55370.1302-0.0942-0.21270.03510.20230.6787-0.1742-0.7171-0.30520.2890.07080.08980.48670.19490.4874-39.9452-27.526638.8944
78.1049-4.621-5.89544.8123.35026.32080.1021-0.29620.05450.27630.26690.3844-0.4087-0.1678-0.33520.30940.05640.09270.26780.09160.28-30.5794-25.280739.1772
84.2097-3.9664-3.76497.07614.86226.33210.0206-0.11720.11440.5350.29710.4243-0.2462-0.4468-0.31220.39940.06340.11460.31270.11050.3002-35.1715-32.758547.9066
91.5462-0.0724-1.50991.89160.32252.7858-0.4359-0.62540.03740.46670.3147-0.1294-0.09080.11170.11610.26750.0009-0.01890.1563-0.01640.1718-18.584-4.905818.3067
108.0783-4.702-0.42264.55151.33882.71280.01210.22810.22040.04270.0517-0.4222-0.04870.3902-0.05530.1701-0.0303-0.00720.2163-0.01650.2541-8.1118-4.182311.2654
113.70441.4669-2.13674.8161-2.54933.85950.09140.10960.0516-0.01670.18270.2230.10940.0964-0.29810.14120.04050.00620.1767-0.0270.1745-18.5073-12.38737.6531
128.04510.0388-2.54262.11930.80033.99490.27490.85110.1242-0.3126-0.13740.0201-0.0807-0.2509-0.10760.25980.0675-0.01050.19830.0220.1573-18.9088-5.53240.199
132.9822-1.0021-0.64663.07860.06671.97280.0140.0663-0.09140.09890.0391-0.2811-0.09970.179-0.03750.16680.0054-0.03320.1815-0.02120.1747-14.9129-8.078410.0711
140.09150.27080.02640.83210.72153.1693-0.06280.03060.03280.33990.02910.1516-0.2064-0.23910.01250.31810.06720.06030.20410.02920.1926-27.4262-6.52524.579
150.6667-0.44220.06642.9141-1.62833.01820.0454-0.0391-0.0940.4834-0.0532-0.0268-0.5880.0355-0.01930.4310.0005-0.01660.22640.02660.2303-23.5049-18.916140.7097
161.9843-1.8982.1392.4324-3.66726.6746-0.0207-0.06090.21521.114-0.0695-0.4558-1.05840.3250.10620.7751-0.0602-0.07660.26410.00540.3092-18.8536-11.189844.2724
172.7364-0.9747-5.00769.02971.25989.30890.67521.04850.5723-1.3526-0.4661-0.958-0.4720.4252-0.19270.52160.090.04640.49620.08720.3795-24.69113.5465-2.0198
185.2798-2.1566-1.69983.74460.97943.65560.16630.27960.0151-0.4464-0.17670.188-0.1062-0.20130.00680.28660.054-0.02690.17520.00890.1758-30.1116.0554.7632
196.7794-4.26941.55436.57820.70215.69840.2856-0.22760.21840.3951-0.20370.10570.3528-0.3173-0.09860.3699-0.098300.19940.02650.486-25.5548-44.286815.2089
206.9133-1.39342.7984.6598-0.16894.92190.1920.4126-0.3001-0.1224-0.18550.3270.24370.048-0.02010.2028-0.03010.00230.177-0.02590.2855-25.1525-41.62488.3197
213.3854-5.0648-2.0688.6691.84532.87180.07350.0109-0.81120.31960.05850.84590.7481-0.2028-0.13640.6104-0.0534-0.17560.3528-0.10130.6287-26.5256-52.13948.9725
222.4217-4.02122.02159.2918-1.14145.72050.2875-0.3676-0.10590.46870.2989-0.09510.4766-0.6656-0.55860.5153-0.0819-0.10580.3263-0.020.3875-27.9913-48.873512.5585
234.9971-0.469-0.08432.1093-0.27516.3452-0.0569-0.3643-0.23930.90710.18130.6914-0.3206-0.5440.01160.33370.0610.10710.23910.03240.3171-25.0398-23.097420.9535
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1 : 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 26 : 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 76 : 101 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 102 : 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 114 : 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 151 : 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 164 : 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 189 : 214 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 1 : 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 18 : 32 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 33 : 52 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 53 : 67 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 68 : 110 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 111 : 126 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 127 : 195 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 196 : 220 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN H AND (RESID 2 : 16 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN H AND (RESID 17 : 54 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN E AND (RESID 19 : 33 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESID 34 : 61 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESID 62 : 69 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 70 : 81 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND (RESID 1 : 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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